Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACCACAAATGCCTATTCAAATCTTGGAGTATTAGCTGTTGTGACTTGGCAAGTCCTGTTTGTCTCCATACCGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAGgtagtgtattacaatagattttccttttttaaaaattttatcttgactgtgaaattgattaaaattgatactctgatggacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0050g02480.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110713048|gb|EE088630.1|EE088630
EST:     AAGTCCTGTTTGTCTCCATACCGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAG                         AGATACTACTTTGCCTCTGCAAA
genomic: AAGTCCTGTTTGTCTCCATACCGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAGgtagtgtatt ... tgatggacagAGATACTACTTTGCCTCTGCAAA
EST: gi|10283302|gb|BE846425.1|BE846425
EST:     AAGTCCTGTTTGTCTCCATACCGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAG                         AGATACTACTTTGCCTCTGCAAAAGAGTTGATGCGGATCAATGGTACGACC
genomic: AAGTCCTGTTTGTCTCCATACCGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAGgtagtgtatt ... tgatggacagAGATACTACTTTGCCTCTGCAAAAGAGTTGATGCGGATCAATGGTACGACC
EST: gi|110726701|gb|EE102715.1|EE102715
EST:     AAGTCCTGTTTGTCTCCATACCGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAG                         AGATACTACTTTGCCTCTGCAAAAGAGTTGATGCGGATCAATGGTACGACC
genomic: AAGTCCTGTTTGTCTCCATACCGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAGgtagtgtatt ... tgatggacagAGATACTACTTTGCCTCTGCAAAAGAGTTGATGCGGATCAATGGTACGACC
EST: gi|71860768|gb|DT009823.1|DT009823
EST:     AAGTCCTGTTTGTCTCCATACCGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAG                         AGATACTACTTTGCCTCTGCAAAAGAGTTGATGCGGATCAATGGTACGACC
genomic: AAGTCCTGTTTGTCTCCATACCGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAGgtagtgtatt ... tgatggacagAGATACTACTTTGCCTCTGCAAAAGAGTTGATGCGGATCAATGGTACGACC
EST: gi|161706059|gb|FC057138.1|FC057138
EST:     CGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAG                         AGATACTACTTTGCCTCTGCAAAAGAGTTGATGCGGATCAATGGTACGACC
genomic: CGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAGgtagtgtatt ... tgatggacagAGATACTACTTTGCCTCTGCAAAAGAGTTGATGCGGATCAATGGTACGACC
EST: gi|30300354|gb|CB977148.1|CB977148
EST:     AAGTCCTGTTTGTCTCCATACCGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAG                         AGATACTACTTTGCCTCTGCAAAAGAGTTGATGCGGATCAATGGTACGACC
genomic: AAGTCCTGTTTGTCTCCATACCGATGATCTATGTGGCTATTCGCTTACAGgtagtgtatt ... tgatggacagAGATACTACTTTGCCTCTGCAAAAGAGTTGATGCGGATCAATGGTACGACC