1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
TATTGCTTCTGATGGAATCTGGGATGCTTTATCATCTGACATGGCTGCTAAGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctgacatgggctcttttctgacagtccagactgatccatgtcgacttccctttttttttttatcttattatacctgtctgttcactgttcag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0060g01580.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAG GAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGTCTAGTTGTTEST: gi|71874154|gb|DT023209.1|DT023209
genomic: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctg ... cactgttcagGAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTT
EST: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAG GAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTTEST: gi|37189043|gb|CF608392.1|CF608392
genomic: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctg ... cactgttcagGAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTT
EST: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAG GAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTTEST: gi|33402981|gb|CF208608.1|CF208608
genomic: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctg ... cactgttcagGAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTT
EST: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAG GAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGTCTAGTTGTTEST: gi|110687916|gb|EE065868.1|EE065868
genomic: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctg ... cactgttcagGAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTT
EST: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAG GAAGCTTTAAGGTCGAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCGTAGTTGTTEST: gi|110384652|gb|EC949105.1|EC949105
genomic: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctg ... cactgttcagGAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTT
EST: TTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAG GAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGTCTAGTTGTTEST: gi|110388299|gb|EC953034.1|EC953034
genomic: TTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctg ... cactgttcagGAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTT
EST: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAG GAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTTEST: gi|110362563|gb|EC926106.1|EC926106
genomic: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctg ... cactgttcagGAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTT
EST: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAG GAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTTEST: gi|71890427|gb|DT039482.1|DT039482
genomic: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctg ... cactgttcagGAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTT
EST: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAG GAAGCTTTAAGGTCAEST: gi|254914412|gb|GR906513.1|GR906513
genomic: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctg ... cactgttcagGAAGCTTTAAGGTCA
EST: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCGGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAG GAAGCTTTAAGGTCGAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCGTAGTTGTT
genomic: AGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctg ... cactgttcagGAAGCTTTAAGGTCAAGGGGCTTGAAGGATGATACAACATGCCTAGTTGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATTGCTTCTGATGGAATCTGGGATGCTTTATCATCTGACATGGCTGCTAAGTCTTGTCGGGGTTTGCCTGCAGAGCTTGCTGCAAAGCTGGTTGTTAAGgtaacagctgacatgggctcttttctgacagtccagactgatccatgtcgacttccctttttttttttatcttattatacctgtctgttcactgttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG