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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGTCTGGCAGCTATTTTGCACTGTGATGAGTTTCGAGGCTTTTTTCCAAGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgccaaatagtattggatgatcttactatcctctgttctaattgtacatgtacttgttcctcagctttgttgctactacttaatatttaatgatgcctctctttggaattgtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0060g00230.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32271244|gb|CD720403.1|CD720403
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110415561|gb|EC981480.1|EC981480
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110363756|gb|EC927367.1|EC927367
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTTTTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|30324545|gb|CD007807.1|CD007807
EST:     GAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGG
genomic: GAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATG-CTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGG
EST: gi|110373337|gb|EC937563.1|EC937563
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|18458238|gb|BM436516.1|BM436516
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|30327012|gb|CD010274.1|CD010274
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|30327090|gb|CD010352.1|CD010352
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110397107|gb|EC962828.1|EC962828
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110422538|gb|EC988864.1|EC988864
EST:     GCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: GCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|30321442|gb|CD004704.1|CD004704
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|32268077|gb|CD717236.1|CD717236
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110696063|gb|EE074792.1|EE074792
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|110361606|gb|EC925092.1|EC925092
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
EST: gi|30326319|gb|CD009581.1|CD009581
EST:     AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTC                         GATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT
genomic: AGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgcca ... ggaattgtagGATTGATGTATCCGGTGGGCGCACCCTTAGGAATCTCTTCAGTGGTGTAGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GAGGTCTGGCAGCTATTTTGCACTGTGATGAGTTTCGAGGCTTTTTTCCAAGAAATACTAAAGTGAAGTGCCTGAGTGATGCTGGATTATTCCTTGATTCgtgagtgccaaatagtattggatgatcttactatcctctgttctaattgtacatgtacttgttcctcagctttgttgctactacttaatatttaatgatgcctctctttggaattgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA