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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAACACATCATCGAAGAGTAGCCTGCTCTTTTAGAGATCAGTCACTTTTCCAAATATTTCAGATATCTTTGTCATCATTGCGTCAACTCAAAAATGATGgtaatatgctaacgtttattatcatttcactattgtctcctttcctctaaattcttatagttgttgctttgacagattttgatgttaatgttatcgtttccctttctgcaatatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0067g01920.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA04G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TCAACACATCATCGAAGAGTAGCCTGCTCTTTTAGAGATCAGTCACTTTTCCAAATATTTCAGATATCTTTGTCATCATTGCGTCAACTCAAAAATGATGgtaatatgctaacgtttattatcatttcac-tattgtctc-ctttcctctaaattcttatagttgttgctttgacagattttgatgttaatgttatcgtttccctttctgcaatatgcag
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GCAACAAATCATCGAAGGGTTGCTTGCTCGTTTAGGGACCAATATCTTTTTCAGATATTTCAGATATCTTTAACATCATTGGGTCAACTGAAGAATGATGgtaaaatgg----gtatactcttgcttaaaattttgtccctctttagtaccatgtttcttaccttttgctatcataattttgagcgttgagattata---tactttgcag----------