1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
AACATCAACCCGCACACCAATTTACAAAGCCTTTGCTAAAGGAGAAAACATTGGAGATGTCACTGCTAAAGGAGAATGTGTTGGCAATATTGCTGATCTGgtacgcttgttaaactttcaatctccaaagatgatatgcatatatcaaggatatgaatacgggtttgggtgtctggaaagcaaaatgacatatgacatgc...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0035g01870.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCTAAAGGAGAATGTGTAGGCAATATTGCTGATCTG CTGGGAACTGGACTGAGTATCATGATCTCCAAAAGAAATCCGTCACTGGTGEST: gi|110711704|gb|EE088489.1|EE088489
genomic: TGCTAAAGGAGAATGTGTTGGCAATATTGCTGATCTGgtacgcttgt ... ttttgtgaagCTGGGAACTGGATTGAGTATCATGATCTCCAAAAGAAATCCGTCACTGGTG
EST: TTGGAGATGTCACTGCTAAAGGAGAATGTGTTGGCAATATTGCTGATCTG CTGGGAACTGGATTGAGTATCATGATCTCCAAAAGAAATCCGTCACTGGTG
genomic: TTGGAGATGTCACTGCTAAAGGAGAATGTGTTGGCAATATTGCTGATCTGgtacgcttgt ... ttttgtgaagCTGGGAACTGGATTGAGTATCATGATCTCCAAAAGAAATCCGTCACTGGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AACATCAACCCGCACACCAATTTACAAAGCCTTTGCTAAAGGAGAAAACATTGGAGATGTCACTGCTAAAGGAGAATGTGTTGGCAATATTGCTGATCTGgtacgcttgttaaactttcaatctccaaagatgatatgcatatatcaaggatatgaatacgggtttgggtgtctggaaagcaaaatgacatatgacatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaggata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agcaaaa