Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGATGAAGGGGGTGAACTTGTGTTTGGTGGAGTTGACCCCGATCACTTCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatctgcaatgttgtcgcttatagtgtaaaacatatctgatttttatcatcaattattttctcattttgtttatctatatttcttgttgatag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0116g01210.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv10s0116g01210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT1G11910.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
TGATGATGAAGGGGGTGAACTTGTGTTTGGTGGAGTTGACCCCGATCACTTCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatctgcaatgttgtcgcttatagtgtaaaacatatctgatttttatcatcaattattttctcattttgtttatctatatttcttgttgatag
||| || ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||  |||| ||||||||  | || ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||| || ||     |  |  | |  |   || |        ||| ||     |   || | |   ||| | |     ||| |||||||  |||| ||||
TGAAGAAGAAGGTGGTGAACTTGTATTTGGAGGTGTTGATCCAAATCATTTCAAGGGCAAACATACATATGTTCCTGTGACACAAAAGGGCTACTGGCAGgtttgtgatacatcacttccttgtctg--gttt--------tctcataacgttttccagtgacgatctaactcaagctatatatattt--tgtt-atag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352794761|gb|FQ475259.1|FQ475259
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|30300182|gb|CB976976.1|CB976976
EST:     GGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACTACTG
genomic: GGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|27579600|gb|CB002295.1|CB002295
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|30251118|gb|CB968851.1|CB968851
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110718432|gb|EE095257.1|EE095257
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|34549541|gb|CF517773.1|CF517773
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|161719906|gb|FC066714.1|FC066714
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110701137|gb|EE078403.1|EE078403
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110724332|gb|EE100065.1|EE100065
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|27583889|gb|CB006584.1|CB006584
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|34542385|gb|CF510617.1|CF510617
EST:     TCGATCGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110387693|gb|EC952381.1|EC952381
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|46918171|gb|CN547500.1|CN547500
EST:     GGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: GGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110724931|gb|EE101189.1|EE101189
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|26265277|gb|CA816340.1|CA816340
EST:     GGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: GGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|30253215|gb|CB970766.1|CB970766
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110723066|gb|EE099952.1|EE099952
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|27585499|gb|CB008194.1|CB008194
EST:     CAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: CAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|71865136|gb|DT014191.1|DT014191
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGACTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|30299773|gb|CB976567.1|CB976567
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|30300771|gb|CB977565.1|CB977565
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110684973|gb|EE062864.1|EE062864
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG