Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCTTGAACCCTTCTTCAATGCTGCGGCTTCTCAATTTATACTAGGACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactcctctctccctgttaatgtagtttgtttgtttcacgcaagttgacacattttttaatctggatatcgaattatcttcagctatgtggctct...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0003g00300.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv10s0003g00300.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT5G46110.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
CTCTTGAACCCTTCTTCAATGCTGCGGCTTCTCAATTTATACTAGGACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactcc-tctctccctgttaatgtagtttgtttgtttcacgcaagttgacacattttttaatctggatatcgaattatcttcagctatgtggctct
| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||  | ||||| || || ||| |||| |||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||  ||   | || |  ||||   ||||  ||   | |    |||    |   |||||     || | | |                      
CACTTGAGCCATTCTTCAATGCGGCTGCTTCTCAATTCATTATGGGACAATCCATCCCCATAACACTATGGTTGTCTCTAGCTCCTGTTGTTCTTGgtaaacactcaatcaaactctttccatgtttcttgt--gtcctaagtttattggattaacctttaa----aatgttgcag---------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|77583035|gb|DV220554.1|DV220554
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|26265652|gb|CA816715.1|CA816715
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|351043311|gb|FQ444032.1|FQ444032
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATC
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATC
EST: gi|110733080|gb|EE108928.1|EE108928
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATC
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATC
EST: gi|351027725|gb|FQ446892.1|FQ446892
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGGCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACT
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACT
EST: gi|110388308|gb|EC953043.1|EC953043
EST:     GGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: GGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|110376459|gb|EC941524.1|EC941524
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGACTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|351031379|gb|FQ445404.1|FQ445404
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|71870783|gb|DT019838.1|DT019838
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|110363008|gb|EC926573.1|EC926573
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGACTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|110697980|gb|EE075470.1|EE075470
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGACTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|351057025|gb|FQ448542.1|FQ448542
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCA
EST: gi|352795621|gb|FQ480209.1|FQ480209
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTTCA-CTGGATTGGCTTC
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATT-CAACTGGATTGGCTTC
EST: gi|351019213|gb|FQ429373.1|FQ429373
EST:     CAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCCTGTTGT-CTTG                         GGTGTGTCAATGG
genomic: CAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCC-TGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagG-TGTGTCAATGG
EST: gi|110361951|gb|EC925457.1|EC925457
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGACTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|351033235|gb|FQ462007.1|FQ462007
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTTCA-CTGGATTGGCTTC
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATT-CAACTGGATTGGCTTC
EST: gi|30252871|gb|CB970422.1|CB970422
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|351022754|gb|FQ428663.1|FQ428663
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGC
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGC
EST: gi|351053172|gb|FQ455629.1|FQ455629
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGGATTGGCTCC
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGG-ATTGGCTTC
EST: gi|18458226|gb|BM436504.1|BM436504
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|351015899|gb|FQ431854.1|FQ431854
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|351048322|gb|FQ449414.1|FQ449414
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|349824063|gb|FQ417450.1|FQ417450
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCCTTCAACTGGAT
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGAT
EST: gi|349828478|gb|FQ417220.1|FQ417220
EST:     ACAGTCGATACCCTTA-CCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGGTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGAC
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGAC
EST: gi|351038519|gb|FQ464385.1|FQ464385
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAACTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|34542626|gb|CF510858.1|CF510858
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCGTCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|352794370|gb|FQ481601.1|FQ481601
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|33401641|gb|CF207268.1|CF207268
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGACTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|110389432|gb|EC954269.1|EC954269
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGACTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
EST: gi|351049192|gb|FQ449914.1|FQ449914
EST:     ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTG                         GTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA
genomic: ACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactc ... taaaatgcagGTGTGTCAATGGCATCATTGACTGAGCTATCATTCAACTGGATTGGCTTCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTCTTGAACCCTTCTTCAATGCTGCGGCTTCTCAATTTATACTAGGACAGTCGATACCCTTAACCCTATGGCTATCTCTGGCCCCTGTTGTTCTTGgtaaacactcctctctccctgttaatgtagtttgtttgtttcacgcaagttgacacattttttaatctggatatcgaattatcttcagctatgtggctct

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctctccc