Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattttatttttcattcgtaaaaattttacttaccacaatggtggaccattattgttgtaagacaacacttcacccagaataatcatattatgat...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0018g01780.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29784297|gb|CB344831.2|CB344831
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACATCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|349823556|gb|FQ414966.1|FQ414966
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|32271352|gb|CD720511.1|CD720511
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|110375956|gb|EC940987.1|EC940987
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|110386695|gb|EC951311.1|EC951311
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|110411796|gb|EC977519.1|EC977519
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|111125066|gb|EE253677.1|EE253677
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACACCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|351024111|gb|FQ423534.1|FQ423534
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|34542620|gb|CF510852.1|CF510852
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCG
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCG
EST: gi|349823504|gb|FQ414914.1|FQ414914
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|110372559|gb|EC936737.1|EC936737
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|32248427|gb|CD714246.1|CD714246
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|110387079|gb|EC951719.1|EC951719
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|351015119|gb|FQ444408.1|FQ444408
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|29784413|gb|CB345109.2|CB345109
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|32268834|gb|CD717993.1|CD717993
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|110385943|gb|EC950505.1|EC950505
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|110413183|gb|EC978960.1|EC978960
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|29784391|gb|CB345050.2|CB345050
EST:     GCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTA-GACCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTGATTGATGATGGTCCTGAC
genomic: GCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACG-CCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|32269676|gb|CD718835.1|CD718835
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|110372429|gb|EC936593.1|EC936593
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|110383897|gb|EC948302.1|EC948302
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
EST: gi|29785638|gb|CB342854.2|CB342854
EST:     AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAG                         GTTGATGTGGACATAGCGACCCATATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC
genomic: AGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattt ... gcttcatcagGTTGATGTGGACATAGCGACCCACATAAGTGTTAATGATGATGGTCCTGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAATCAAGCGAGCAGTTAGCTATGGGAGTAGCCTTTGGAATTACGCCACCAAAACAACAGgttctgattttatttttcattcgtaaaaattttacttaccacaatggtggaccattattgttgtaagacaacacttcacccagaataatcatattatgat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agaataa