Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTGATCCAAGTGTAACCATGATGACAGTAGAAGAGAAACCGGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g00170.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g54340.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GATTGATCCAAGTGTAACCATGATGACAGTAGAAGAGAAACCGGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgat-atttataactttggctctag
 ||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || |   || ||||||| || ||  | |     | || |  |  | |   || | |         |  ||   | ||||||| ||     |   ||  |  |  | |  |  ||  || |  || |||             
AATTGACCCAAGTGTTACCATGATGACAGTTGAGGAAAAACCTGATGTGACATATAATGATGTGGGTGGTTGCAAGGAACAGATTGAAAAAATGCGGGAGgtatac-taatcttttttcagttcatatcccttg-tcgtgcaaacttgctcatccttgtgcatcaggcta---gttagttttggacttattttgctatttactgtttgctaattattgtttgttcatag------------

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G110185_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GATTGATCCAAGTGTAACCATGATGACAGTAGAAGAGAAACCGGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatat-gcattta-caccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctag
 ||||| |||||||| ||||||||||| || || || || || |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    || || | | || |    ||  | ||  |  ||  || |||     |  ||| | ||| |||  |  |  | |   ||  |   |                                               
AATTGACCCAAGTGTTACCATGATGACTGTGGAGGAAAAGCCAGATGTGACGTACAATGATGTCGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtatgtgg--tccttcttccttgtgagctgggaaatactgcatcacagttagtgatggatctattttgtttactatttgctgtactatttttgcag----------------------------------------------

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G181359_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GATTGATCCAAGTGTAACCATGATGACAGTAGAAGAGAAACCGGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctag
 ||||| |||||||| ||||||||||| || || || || || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||  || ||||||     | || |||| || |   | ||        || |  || |  ||  |||   |     ||| | | || ||  ||| |  | || |                                 
AATTGACCCAAGTGTTACCATGATGACCGTGGAGGAAAAGCCAGATGTGACGTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAAATGCGTGAAgtatgtg-atccttttt-----tcttcttgtgagctggcacat--------actgcatcatagttagttacgggactagtttggttactctgtgcttgtaccttttttgcag----------------------------

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA03G42370.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GATTGATCCAAGTGTAACCATGATGACAGTAGAAGAGAAACCGGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtg------tgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcat-ttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctag
 ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||       || |  |||  || |  |||  | |  |   ||     ||| |  |||||  |||    | ||  |||     |  | ||| |||   |                                                 
AATTGACCCAAGTGTTACCATGATGACAGTTGAAGAGAAGCCTGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGTTGTAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgttagtgattggaagttcccttgatttttaatctgttataattgcggatgtaagttacatggtgctaattttattta----tttatattttatctgctag-----------------------------------------------

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA16G01810.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GATTGATCCAAGTGTAACCATGATGACAGTAGAAGAGAAACCGGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctag
 |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| |||||  ||  |||    || || || | ||    | || |||     | | |     ||     ||  |||      |    |   |                                                       
AATTGATCCAAGTGTAACCATGATGACGGTTGAAGAGAAGCCAGATGTGACATATAATGATGTTGGCGGTTGTAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGTGAAgtaagt-cattgaaatttcacttatctt----acattataatgataatgaagttatgcggcactaaatttgtcatttccctgcaag------------------------------------------------------

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA07G05220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GATTGATCCAAGTGTAACCATGATGACAGTAGAAGAGAAACCGGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctag
 |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||  ||   |    |||  | || ||||      || ||  | | |  ||   |  || |  ||  |||   |  |    |   |                                                       
AATTGATCCAAGTGTGACCATGATGACTGTTGAAGAGAAGCCAGATGTAACATATAATGATGTTGGCGGTTGTAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtaagtcattggaatttttacttattttacatttataatgaa-gtagataagtcacgtgtcact-aatttgtaatttcactgcaag------------------------------------------------------

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA19G45140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GATTGATCCAAGTGTAACCATGATGACAGTAGAAGAGAAACCGGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctag
 ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||  ||   |     || | ||  |||||      | |||     ||| |    |    || | ||      |  || ||||| ||  | | | || ||                                         
AATTGACCCTAGTGTTACCATGATGACAGTTGAAGAGAAGCCTGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGTTGTAAGGAACAGATTGAAAAAATGCGAGAAgtaagtgattggaagttcccttcatttttaatctgttata-----attgaggatgcaagttacatggcgctaatttatttttttatatttt-atctgctag---------------------------------------

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: PP1S152_13V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
GATTGATCCAAGTGTAACCATGATGACAGTAGAAGAGAAACCGGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgt-----gtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctag
|||||| || ||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| || || |||||| |||| || || ||||| || || ||||||||||| || ||  ||  |  |   ||   | |||||| || |  | |    |   |||     ||     ||| || |||   | || |    || ||  | |||    ||                                           
GATTGACCCGAGTGTCACTATGATGACAGTAGAAGAAAAGCCAGATGTTACGTACAATGATATTGGAGGCTGTAAGGAACAAATAGAAAAGATGCGTGAGgttagtgaaaccaacttgt-tattttttcgtaatttgaatgcttggtttgtgaagtttctggtcctttttggcgagcaacatacttatg--catgttgtattg------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351055270|gb|FQ441868.1|FQ441868
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110381635|gb|EC934981.1|EC934981
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|46917525|gb|CN546854.1|CN546854
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCA
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCA
EST: gi|351037539|gb|FQ462522.1|FQ462522
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|352798958|gb|FQ480807.1|FQ480807
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110700764|gb|EE077702.1|EE077702
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|161712408|gb|FC061713.1|FC061713
EST:     TGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: TGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110722901|gb|EE099603.1|EE099603
EST:     GGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: GGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|294966728|gb|GW837747.1|GW837747
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|352786546|gb|FQ479753.1|FQ479753
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110710904|gb|EE087489.1|EE087489
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|351038545|gb|FQ464411.1|FQ464411
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110424138|gb|EC990494.1|EC990494
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110718922|gb|EE096307.1|EE096307
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAAATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|161718866|gb|FC067339.1|FC067339
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAACAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110688813|gb|EE067797.1|EE067797
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|71859940|gb|DT008995.1|DT008995
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGAAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|351047798|gb|FQ459018.1|FQ459018
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110727512|gb|EE104359.1|EE104359
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAACAAATTGAAAAGATGCNAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|33404439|gb|CF210066.1|CF210066
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110686619|gb|EE064467.1|EE064467
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAACAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|161710784|gb|FC059861.1|FC059861
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|161715740|gb|FC066144.1|FC066144
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATTGATCCAAGTGTAACCATGATGACAGTAGAAGAGAAACCGGATGTGACATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG