Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGTGATTCTGGAATTACATTTAATGTCAAACCAAAGATGAAGGCAGTGGAGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtggacttggcatagggtatttgagacaacatggttcaagctgaacaaatatttgatttgtttcacatctttgtttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0056g00200.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g40420.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
CAGTGATTCTGGAATTACATTTAATGTCAAACCAAAGATGAAGGCAGTGGAGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtggacttggcatagggtatttgagacaacatggttcaagctgaacaaatatttgatttgtttcacatctttgtttag---
 |||||   ||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||  | ||||||||||| || || || ||||||||||| ||  |||| ||  |||||||||  |   |   | |  |  |   ||   || |   | ||| ||     |   |    | |  |  || ||||  |  | |     
TAGTGACAGTGGTATCACATTCAATGTTAAACCCAAGATGAAGGCCCTTGAGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaacagcacttgtgtgcgacttt---gataggtttgttaaatt---atttacccctaaaattcttaacattctgttcttacag

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA09G40690.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
CAGTGATTCTGGAATTACATTTAATGTCAAACCAAAGATGAAGGCAGTGGAGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtggacttggcatagggtatttgagacaacatggttcaagctgaacaaatatttgatttgtt-tcacatct-ttgtttag
|||||| ||||| |||||||| ||||   |||||   ||||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||||| || ||| | |||||  | ||||||| ||   |  |   | |     ||||  |  | | || |  ||  | |||   |||||  | | || |    ||| |||| |||
CAGTGACTCTGGGATTACATTCAATGAACAACCATTAATGAAAGCATTGCAGATTGCTGAAAAGGCTAGGGATGCTATTCTTAGCGGGAAATTTGATCAGgtaactaaatggttcaccgtg----attttgggaatcgtgatctaa-ttaaacttttatttactctcttattttgtctgttgtatag

upper sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT3G08590.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
CAGTGATTCTGGAATTACATTTAATGTCAAACCAAAGATGAAGGCAGTGGAGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtggacttggcatagggtatttgagacaacatggttcaagctgaacaaatatttgatttgtttcacatctttgtttag
 ||||||  ||||||  |||| |||||| | ||||||||||| ||| |||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||  |||| ||  |||||||||   ||| | |   | ||    ||| |   ||||     | ||    |     |  |   |||| | |  ||   | || ||
AAGTGATAGTGGAATATCATTCAATGTCCAGCCAAAGATGAAAGCACTGGAAATTGCCGAGAAAGCAAGGGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaa--ggtgtattct-cttatcacatt-gtatcaaccca--ttaaaacaattggcttctgagtttggtgccaatggattttcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33406503|gb|CF212130.1|CF212130
EST:     CAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: CAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|30251274|gb|CB969007.1|CB969007
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110386858|gb|EC951490.1|EC951490
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|71881475|gb|DT030530.1|DT030530
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110361200|gb|EC924656.1|EC924656
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|77583526|gb|DV220799.1|DV220799
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|29781711|gb|CB346373.2|CB346373
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110687320|gb|EE064627.1|EE064627
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|30252044|gb|CB968683.1|CB968683
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110366484|gb|EC930392.1|EC930392
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|30301264|gb|CB978058.1|CB978058
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110725047|gb|EE101410.1|EE101410
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110719729|gb|EE095112.1|EE095112
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAN                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|33406588|gb|CF212215.1|CF212215
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|33403660|gb|CF209287.1|CF209287
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|28962723|gb|CB341756.1|CB341756
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|161712531|gb|FC061836.1|FC061836
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110724634|gb|EE100633.1|EE100633
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|161721567|gb|FC070103.1|FC070103
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110690736|gb|EE068154.1|EE068154
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|33403584|gb|CF209211.1|CF209211
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|30305831|gb|CB982625.1|CB982625
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|33409439|gb|CF215066.1|CF215066
EST:     CAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCCACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: CAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110361556|gb|EC925038.1|EC925038
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110716747|gb|EE091997.1|EE091997
EST:     GGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: GGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110709676|gb|EE085346.1|EE085346
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|29783243|gb|CB349288.2|CB349288
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|29783288|gb|CB349373.2|CB349373
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|30301324|gb|CB978118.1|CB978118
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|30251262|gb|CB968995.1|CB968995
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|30251347|gb|CB969080.1|CB969080
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|30252132|gb|CB968771.1|CB968771
EST:     CAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: CAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110717711|gb|EE093807.1|EE093807
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|110391170|gb|EC956127.1|EC956127
EST:     AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: AGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
EST: gi|30251358|gb|CB969091.1|CB969091
EST:     ATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAG                         GTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT
genomic: ATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtg ... ctttgtttagGTTCGTGTTAACCTACCAAATGGTGACATGGTGGGGCACACTGGTGATATT