Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgtattctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttcagtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0040g00410.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g41180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgtattctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttcagtctt--cagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctag
 |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||| | |||||| | |||||||| ||  | |||||||| | ||  |       |||   |||||  ||    | || |  | |||| |||||  |    | |   |   |  |     ||||   ||  |  | |   | |                                                             
GCCTTTTGGCTGTGGAGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGGGATGGGCCACAACTCTACATGATCGAACCTTCGGGGCTCTCCTATgtaaattttttaccctaatacactgtagcacttctatcat-acctttatt-tgttacaa---ctgaaagaccaacttgaccatcttatggtagtggctgggctca-------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g59600.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgtattctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttcagtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctag
 |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||  | |||||| | ||||| || || || || || || || | | | |   ||  |       ||      |  ||  | |   |  ||| |    |||| |   | ||| |    |  | | ||   | | | | |                                                              
GCCTTTTGGTTGTGGAGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGGGATGGGCCACAGCTCTACATGATCGAACCCTCAGGAGTCTCATACgtaagctaacact--acagtacacaagaagtcaaactcgtcttaggctcttggtttttgtttttttcatctctatgtgaaccattattagcaattaaattgt--------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G445100_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgatatt---tggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgtattctgttatgagctttt----actcatgtatct-actactctttcagtcttca--gaatttatgt---ggtggtgttat--ttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctag------------
||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||  | |||||| | || || || || ||||| ||||| ||||| || |   | ||||| ||||||    ||||  |  || | |  |   | | |    ||||    | | ||| |||  || | ||   |  || | |  ||  || | |    || |  |||    |  | | | || | | ||||   | | |  | ||| |||  | ||             
ACCTTTTGGTTGTGGTGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGGGATGGACCACAGCTTTACATGATAGAGCCCTCAGGAGTTTCGTATgtaagttgttactgtattgcata-gttgtatcaatgtgagtg-cataggcttatggctttagctttttcatgaattatgcatcccaccagtcacacgttcatgaatgaccttgtttttaagttgcattacacattaggagtcttgtgagtttgaaatacataatgtttattgactttacgaacttgaacag

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G028346_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
---------------ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgtattctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttca-gtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctag
               ||||||||| || || || ||||||||||||||||| || |||||||||||  | |||||| | || || || || ||||||||||| ||||| || |         ||  | || |||  | ||   || | |     | ||||  | ||  | | |  ||    || || || |   |  | |||    |                                                          
TTTCTGTTATATCAGACCTTTTGGTTGCGGTGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGGGATGGACCACAGCTTTACATGATAGAGCCCTCAGGAGTTTCCTATgtaagttgttact------gtattacatagttgta-tcattgtatttgtatcaatgtgagtgtgtaggcttatggctttagcttttacatgaactatgcattccact----------------------------------------------------------

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G028346_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgtattctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttca-gtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctag
||||||||| || || || ||||||||||||||||| || |||||||||||  | |||||| | || || || || ||||||||||| ||||| || |         ||  | || |||  | ||   || | |     | ||||  | ||  | | |  ||    || || || |   |  | |||    |                                                          
ACCTTTTGGTTGCGGTGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGGGATGGACCACAGCTTTACATGATAGAGCCCTCAGGAGTTTCCTATgtaagttgttact------gtattacatagttgta-tcattgtatttgtatcaatgtgagtgtgtaggcttatggctttagcttttacatgaactatgcattccact----------------------------------------------------------

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G130398_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgatatt-tggcata-agttgtagagctgtg-gttatcaaatgtattc-tgttatgagcttttactcatgtatctactactctttcagtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttc-tag----------------------------
 |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||  | |||||| | ||||| || || |||||||| || ||||| || | |   | | |||||||     ||| ||    |     |||  | ||||  |  |||  |  |  |||     | |  ||| | ||||| ||  |||  |   |||| ||  | |   |||  | ||  | |  |  |    ||||   || | ||                             
GCCTTTTGGTTGTGGTGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGGGATGGGCCACAGCTCTACATGATAGAACCCTCAGGAGTTTCCTACgtaagttgttactgtattacatagttgtatcaacgtgagtccataggctcattagttttatttgaattttgttttccatcagtcgcacactca-ttttcagtatggatg--gcattgtttttaagtagcctttcactttaggagtcttgtgaaattttgaagtacataatgtttattggcattacaaacttgaccag

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA05G14330.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgtattctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttcagtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctag
||||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | |||| |||  | |        |    |  || |    |||| |||| |    |||| |||| |  |  || || ||     ||  ||| ||   || |||| || ||       ||| ||||||| ||  || || |                
ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGGACCACAGTTGTACATGGTTGAACCTTCCGGTGTTTCCTATgtgagctactttttgtcatttgata-------gcaacttccagac---ttct-ttataa----ttacacatgcaattgatattcctt-----tttggaagttccatg-tggtatttttgtaatgatttgttcatttggtaattgttctag--------------

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgtattctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttcagtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctag
||||||||||||||| || || || |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||    | | |||        | |  |     ||  |||  |||| |    |||| |||| |  | ||| || ||   | || |   |  ||||| |  | || |   |  || ||   | ||| ||  || || |                
ACCTTTTGGATGTGGTGTCATACTAGGAGGTTATGACAGGGATGAACCACAGTTGTACATGGTCGAACCTTCTGGTGTTTCTTATgtgagt--atactttttgttatttg-------atagcaacttcctgacttcc-ttataa----ttacacatgcaattgctattcctt---ttttgaagttccatgtgctatttttgtaatgatatgtt---cgtttggtaattgttctag--------------

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT2G27020.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgt-attctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttcagtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctag
 |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||  | || ||||| |||| || | || |   || | |    || |   ||| |||| | |   | || |   || | | |||| |   | ||| || | |||                                                                          
GCCTTTTGGCTGTGGGGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGAGATGGACCTCAATTGTACATGATTGAACCATCAGGCATATCATATgtaagtt-atttctgcccgtagatatgtgtctttaagtatgaaattttacgttatttttccctgtca-tcatatgaattctattcctgcag--------------------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: EFJ26434 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 7
ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagt-tgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaa-atgtattctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttcagtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctag
 || || ||   ||||||||| ||||| || || ||||||||||| || ||| | |||||| |||||||||| |||||||| ||||| ||| || |  ||      ||   |  |||  || || ||   ||| |                                                                                                                    
GCCGTTCGGCACTGGAGTAATACTTGGCGGGTACGACAGAGATGGGCCGCAACTTTACATGATTGAACCTTCCGGTGTTTCGTATgtaagtgtgctggttttagcgagg-atcaagcactgattttccccatgcag-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34545358|gb|CF513590.1|CF513590
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|87584053|gb|DY473356.1|DY473356
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGTAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|110712939|gb|EE088423.1|EE088423
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|351026032|gb|FQ428044.1|FQ428044
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|26267610|gb|CA818673.1|CA818673
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|351016637|gb|FQ424064.1|FQ424064
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|110689940|gb|EE066605.1|EE066605
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|110405352|gb|EC970893.1|EC970893
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|110719773|gb|EE095192.1|EE095192
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|37185131|gb|CF604484.1|CF604484
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAAT
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAAT
EST: gi|110720841|gb|EE097126.1|EE097126
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|34545280|gb|CF513512.1|CF513512
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|161715533|gb|FC069462.1|FC069462
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|349829839|gb|FQ422152.1|FQ422152
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|351012831|gb|FQ430394.1|FQ430394
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|110428341|gb|EC994810.1|EC994810
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|110702145|gb|EE080525.1|EE080525
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|71880094|gb|DT029149.1|DT029149
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|351017561|gb|FQ435914.1|FQ435914
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|34543966|gb|CF512198.1|CF512198
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|34362721|gb|CF404306.1|CF404306
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|71880613|gb|DT029668.1|DT029668
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACAGAG
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAACAGAG
EST: gi|110720821|gb|EE097078.1|EE097078
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|110718292|gb|EE094957.1|EE094957
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|351033938|gb|FQ462993.1|FQ462993
EST:     ACAGAGGTGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|110727594|gb|EE104529.1|EE104529
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|110707900|gb|EE084829.1|EE084829
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         ANGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|351023141|gb|FQ432524.1|FQ432524
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|349823527|gb|FQ414937.1|FQ414937
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|71879184|gb|DT028239.1|DT028239
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAA
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAA
EST: gi|161719434|gb|FC067375.1|FC067375
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|351029065|gb|FQ435265.1|FQ435265
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|161712773|gb|FC061997.1|FC061997
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|22010249|gb|BQ795283.1|BQ795283
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|110428899|gb|EC995383.1|EC995383
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|37184434|gb|CF603788.1|CF603788
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAAT
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAAT
EST: gi|110713723|gb|EE089893.1|EE089893
EST:     ACAGAGATGGGCCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|110686023|gb|EE063265.1|EE063265
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTATATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|30253109|gb|CB970660.1|CB970660
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
EST: gi|351021754|gb|FQ437139.1|FQ437139
EST:     ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTAT                         AGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC
genomic: ACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgat ... ttggttctagAGGTACTTTGGTGCTGCAATTGGAAAAGGCAGACAGGCTGCTAAAAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACAATTGTACATGGTTGAACCTTCTGGTGTTTCCTATgtgagttgatatttggcataagttgtagagctgtggttatcaaatgtattctgttatgagcttttactcatgtatctactactctttcagtcttcagaatttatgtggtggtgttatttgggaatttttttcattttgtgcttcttttttttttttggttctag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA