Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGGGAATATGAGACAAGAAATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATGgtaggtccctgcatgtgctttaactgtcttattattccgttgaatgctgagatgttttctggatgttgatacctttgttactcttgcaacccatattttg...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g04440.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0005g04440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g57180.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GAAGGGAATATGAGACAAGAAATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATGgtagg---tccctgcatgtgctttaactgtcttattattccgttgaatgctgagatgttttctggatgttgatacctttgttactcttgcaacccatattttg
|| | || ||||| |||||||| ||| | ||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| |||||| |   |    |||  | |  |     ||  | |||   | | | | || | |   | | ||    ||   |  ||   |    ||  ||     |     
GACGCGAGTATGAAACAAGAAACTATGGATTTGACGAAGTAAATCATCATATGGCTGAACAACTTGCAATGgtatgcattgtgcgcacatccgcttttcttccaactatatagataattcctaatacaatctttgagaattagga--ttgaatgaaattcaaagtagcaacca-

upper sequence: Vv07s0005g04440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA13G18950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GAAGGGAATATGAGACAAGAAATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATGgtaggtccc--tgcatgtgctttaactgt---cttattattc---cgttgaatgctgagatgttttctggatgttgatacctttgttactcttgcaacccatattttg
||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||| || |||| ||||||||||| || || | |||| || |   | ||| |||| | |   |   |||  | |||   | ||    | | | |  |||  |     || ||     || |    |    |    ||||   
GAAGGGATTATGAGACAAGAAACTACAGCTTTGAAGAAGTGCACTATCACATGGCTGAGCAACTAGCAAAGgtatgttcttttacatttgctgtcatcattcacttgcttttcgctctttctcggttaaaacatttctt-----tttatgtgcatgcttgcttattgatttttatt---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161719785|gb|FC066692.1|FC066692
EST:     ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATG                         ATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
genomic: ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATGgtaggtccct ... ccttgtgcagATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
EST: gi|161720302|gb|FC071155.1|FC071155
EST:     ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATG                         ATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
genomic: ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATGgtaggtccct ... ccttgtgcagATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
EST: gi|161719288|gb|FC068264.1|FC068264
EST:     ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATG                         ATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
genomic: ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATGgtaggtccct ... ccttgtgcagATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
EST: gi|77580795|gb|DV219305.1|DV219305
EST:     ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATG                         ATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
genomic: ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATGgtaggtccct ... ccttgtgcagATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
EST: gi|161708607|gb|FC060440.1|FC060440
EST:     ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATG                         ATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
genomic: ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATGgtaggtccct ... ccttgtgcagATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
EST: gi|110424142|gb|EC990498.1|EC990498
EST:     ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATG                         ATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
genomic: ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATGgtaggtccct ... ccttgtgcagATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
EST: gi|161718481|gb|FC066331.1|FC066331
EST:     ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATG                         ATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA
genomic: ATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATGgtaggtccct ... ccttgtgcagATTTCCAAAGAACATGGTGGTATCATGAGGTTTATTCAAGTTTCTTGCTTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAGGGAATATGAGACAAGAAATTATAGCTTTGAGGAAGTGAACCATCATATGGCTGAGCAGCTTGCTATGgtaggtccctgcatgtgctttaactgtcttattattccgttgaatgctgagatgttttctggatgttgatacctttgttactcttgcaacccatattttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT