Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATACCATTAAGTGGACCTAATGCAGTGATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactctatatttattatgttaaatgtagtttgaaattttcaaccataattgtggaagcaatttgccatctgaatgcttgaaaaccacatattcttatgaggtgtgaatgacaccattgcttactttcttatatgcttaatttttccatctaacttccttttggtcttgcctctgtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0061g00750.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA12G08650.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
ATACCATTAAGTGGACCTAATGCAGTGATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactctatatttattatgttaaatgtagtttgaaattttcaaccataattgtggaagcaatttgccatctgaatgcttgaaaaccacatattcttatgaggtgtgaatgacaccattgcttactttcttatatgcttaatttttccatctaacttccttttggtcttgcctctgtag
|||||| |   ||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |     |  |||| | || || | |    ||||   |||  | ||     ||||||   ||||  |  ||  || |||| |  ||    |||| |    | |                                                                            
ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCATGAGCTTGAGGATGACCTTGGAAAGGgttagctatttcattt-taatatttatttatatttgcc-tttagatcctgtgctgtggacaaaatt-actgtcacaa-gcttcagcact-tgtattttacctaag----------------------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA11G19840.3 (Glycine max), 5'ss of exon 6
ATACCATTAAGTGGACCTAATGCAGTGATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactctatatttattatgttaaatgtagtttgaaattttcaaccataattgtggaagcaatttgccatctgaatgcttgaaaaccacatattcttatgaggtgtgaatgacaccattgcttactttcttatatgcttaatttttccatctaacttccttttggtcttgcctctgtag
|||||| |   ||| || ||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |     | ||||| | || || | |    ||||   |||  | ||     ||||||  |  |        | |   |||| |    |  || |    | |                                                                              
ATACCACTCTCTGGCCCCAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCATGAGCTTGAGGATGACCTTGGAAAGGgttagctattttattt-taatatttatttatatttgcc-tttggatcctgtgctgtggac-ctgtcacaagcttcagcacttgtattttatttacttaagtaa------------------------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT2G28190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
ATACCATTAAGTGGACCTAATGCAGTGATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactctatatttattatgttaaatgtagtttgaaattttcaaccataattgtggaagcaatttgccatctgaatgcttgaaaaccacatattcttatgaggtgtgaatgacaccattgcttactttcttatatgcttaatttttccatctaacttccttttggtcttgcctctgtag
|| ||  | | ||| |||||| | ||  ||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| || ||||||||| |  |||| || |  |   || | | | |  | ||       ||   |||    |   | |||  |    || |  ||       | ||  ||||| |  |||   | |  |||    |||   | | ||||   |   | ||  || | ||     |                  
ATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGTTGGAAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGgtaaaccattatactt-tacttccaagtctcgat--acatcaattggcacggttgcactaatgaattgttaataaaaaggatggctctttcctag-cttataaa-tgtctcttaagcca--agttatgatatgatattact--ctctttgatttgacaaatatag----------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110697650|gb|EE074825.1|EE074825
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351016352|gb|FQ446212.1|FQ446212
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAC
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110721101|gb|EE097715.1|EE097715
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGCCATGAACTTANCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110697481|gb|EE074509.1|EE074509
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351023497|gb|FQ432880.1|FQ432880
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351037532|gb|FQ462515.1|FQ462515
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349813969|gb|FQ414203.1|FQ414203
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAAG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATTGC-GGTGGAAGATTGGCA
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAAT-GCAGGTGGAAGATTGGCA
EST: gi|351025594|gb|FQ426608.1|FQ426608
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351013137|gb|FQ424842.1|FQ424842
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351053311|gb|FQ459179.1|FQ459179
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|30253431|gb|CB970982.1|CB970982
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349827666|gb|FQ422534.1|FQ422534
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349822160|gb|FQ412424.1|FQ412424
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349815965|gb|FQ403606.1|FQ403606
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349823657|gb|FQ415067.1|FQ415067
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349814484|gb|FQ399124.1|FQ399124
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110405653|gb|EC971197.1|EC971197
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349822147|gb|FQ412411.1|FQ412411
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|29784976|gb|CB341565.2|CB341565
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGATAAGG                         GATGG-CATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCA
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagG-TGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCA
EST: gi|351028176|gb|FQ426077.1|FQ426077
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349816488|gb|FQ403863.1|FQ403863
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110728694|gb|EE104487.1|EE104487
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTANCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110406516|gb|EC972092.1|EC972092
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349831011|gb|FQ418295.1|FQ418295
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|30251252|gb|CB968985.1|CB968985
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110387404|gb|EC952065.1|EC952065
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|352794252|gb|FQ479494.1|FQ479494
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110376952|gb|EC942021.1|EC942021
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349808415|gb|FQ405559.1|FQ405559
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110732008|gb|EE106918.1|EE106918
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGANGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTANCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|30255507|gb|CB971639.1|CB971639
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|29784935|gb|CB341497.2|CB341497
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|30251287|gb|CB969020.1|CB969020
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|30251371|gb|CB969104.1|CB969104
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349826996|gb|FQ419087.1|FQ419087
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351056800|gb|FQ443427.1|FQ443427
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351055263|gb|FQ440602.1|FQ440602
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|33409849|gb|CF215476.1|CF215476
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351015091|gb|FQ444380.1|FQ444380
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351038806|gb|FQ464672.1|FQ464672
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|27581746|gb|CB004441.1|CB004441
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351016126|gb|FQ432081.1|FQ432081
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACGGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110404252|gb|EC969021.1|EC969021
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|37186536|gb|CF605889.1|CF605889
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCT
EST: gi|351032540|gb|FQ458905.1|FQ458905
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349814908|gb|FQ410131.1|FQ410131
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110383243|gb|EC947602.1|EC947602
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351012633|gb|FQ430196.1|FQ430196
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349824838|gb|FQ414696.1|FQ414696
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|352789886|gb|FQ478701.1|FQ478701
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110701035|gb|EE078210.1|EE078210
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGCCATGAACTTANCCTTACCACTGGCAATGCAAGTGGAAAATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349811062|gb|FQ406050.1|FQ406050
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGACAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|352786909|gb|FQ481284.1|FQ481284
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCCCTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|30253352|gb|CB970903.1|CB970903
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110384279|gb|EC948706.1|EC948706
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110371126|gb|EC934905.1|EC934905
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351055675|gb|FQ452140.1|FQ452140
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGGACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110691130|gb|EE068880.1|EE068880
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351025914|gb|FQ427926.1|FQ427926
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|30255584|gb|CB971716.1|CB971716
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGCCCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110691414|gb|EE069492.1|EE069492
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349813864|gb|FQ414098.1|FQ414098
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349809263|gb|FQ399037.1|FQ399037
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGTGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCNATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349817251|gb|FQ405255.1|FQ405255
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAACCTTACCACTGGCAATGCAAGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351022739|gb|FQ428648.1|FQ428648
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351027042|gb|FQ439903.1|FQ439903
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGATGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAAG                         ATGGGCATGAACTTAACCTTAACCACTGGCAAAGCAGGTGG
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTA-CCACTGGCAATGCAGGTGG
EST: gi|110383054|gb|EC947402.1|EC947402
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTTGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349819676|gb|FQ402613.1|FQ402613
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351020010|gb|FQ439827.1|FQ439827
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|110685642|gb|EE062541.1|EE062541
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCANGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|349815601|gb|FQ400757.1|FQ400757
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351030356|gb|FQ432294.1|FQ432294
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351014462|gb|FQ437464.1|FQ437464
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCACGTGGAAAATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|351046839|gb|FQ454449.1|FQ454449
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCANGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
EST: gi|352790592|gb|FQ478231.1|FQ478231
EST:     GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG                         GTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT
genomic: GATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactct ... gcctctgtagGTGGGCATGAACTTAGCCTTACCACTGGCAATGCAGGTGGAAGATTGGCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATACCATTAAGTGGACCTAATGCAGTGATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGGgtaaaactctatatttattatgttaaatgtagtttgaaattttcaaccataattgtggaagcaatttgccatctgaatgcttgaaaaccacatattcttatgaggtgtgaatgacaccattgcttactttcttatatgcttaatttttccatctaacttccttttggtcttgcctctgtag

- - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG