Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCAACTCTGTGTTGGTGTATGATGGTTGCTCTGCTTGTTTGCGTATCCTTTGTAGTGGGTCTTCCCCAAGTGCTTAAGCTCTATGGGGTCCCATATCTGgtgggtaaaatttagtcatctcatattgatgaactgctggaatttcaagtattttgccttatttgaaaaagactaatagtatgattccacctctgttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g06730.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352768954|gb|FQ468145.1|FQ468145
EST:     TTGTAGTGGGTCTTCCCCAAGTGCTTAAGCTCTATGGGGTCCCATATCTG                         GTTTTCGTTATGTGGCTGGACTTTGTTACTTACTTGCATCACCATGGC
genomic: TTGTAGTGGGTCTTCCCCAAGTGCTTAAGCTCTATGGGGTCCCATATCTGgtgggtaaaa ... tctgttgcagGTTTTCGTTATGTGGCTGGACTTTGTTACTTACTTGCATCACCATGGC
EST: gi|110379212|gb|EC944392.1|EC944392
EST:     TTGTAGTGGGTCTTCCCCAAGTGCTTAAGCTCTATGGGGTCCCATATCTG                         GTTTTCGTTATGTGGCTGGACTTTGTTACTTACTTGCATCACCATGGCTAT
genomic: TTGTAGTGGGTCTTCCCCAAGTGCTTAAGCTCTATGGGGTCCCATATCTGgtgggtaaaa ... tctgttgcagGTTTTCGTTATGTGGCTGGACTTTGTTACTTACTTGCATCACCATGGCTAT
EST: gi|110377424|gb|EC942487.1|EC942487
EST:     TTGTAGTGGGTCTTCCCCAAGTGCTTAAGCTCTATGGGGTCCCATATCTG                         GTTTTCGTTATGTGGCTGGACTTTGTTACTTACTTGCATCACCATGGCTAT
genomic: TTGTAGTGGGTCTTCCCCAAGTGCTTAAGCTCTATGGGGTCCCATATCTGgtgggtaaaa ... tctgttgcagGTTTTCGTTATGTGGCTGGACTTTGTTACTTACTTGCATCACCATGGCTAT