Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATTTGCACTATGGTCTATTAGCAGCTCGAGCAGAGATTCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaattcctccaccttttaacatctgatggtgtgttgtcatggtattttgtgtgctcctcacttttcaagttattataatgttttgtctgatga...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0094g01630.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110361410|gb|EC924878.1|EC924878
EST:     TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG                         GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
genomic: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
EST: gi|161713812|gb|FC063447.1|FC063447
EST:     TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG                         GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
genomic: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
EST: gi|110372081|gb|EC936226.1|EC936226
EST:     TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG                         GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
genomic: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
EST: gi|71875371|gb|DT024426.1|DT024426
EST:     TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG                         GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
genomic: TCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
EST: gi|110357997|gb|EC921895.1|EC921895
EST:     TGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG                         GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
genomic: TGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
EST: gi|110358562|gb|EC922863.1|EC922863
EST:     GAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATG                         GGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG
genomic: GAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaa ... tttcttaaagGGACATACACATATGGAGGAGTGACTTATGAAGCATCAGCTCACCCAAGCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTATTTGCACTATGGTCTATTAGCAGCTCGAGCAGAGATTCTTAAGGTTGAAAGTTCTGAGAATCCATGCTTGTTGGGTGGTTTTCATGgtatgttgaattcctccaccttttaacatctgatggtgtgttgtcatggtattttgtgtgctcctcacttttcaagttattataatgttttgtctgatga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctccacc