Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAATAGAAACTGGGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatccacaattttctgttttcctcatccacctccccttgttcagtcaagtctgtatacatccgcatgcaagcatgtatgctcatgggtgtatttgtgtgtccttatctctttttttgatcactatcatgtgtattctgcaccaatgtttag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g03820.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0023g03820.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA01G36890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GCAATAGAAACTGGGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtat------ccacaattttctgttttcctcatccacctccccttgttcagtcaagtctgtatacatccgcatgcaagcatgtatgctcatgggtgtatttgtgtgtccttatctctttttttgatcactatcatgtgtattctgcaccaatgtttag
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||  | |      | | ||| |  ||  ||   | |  |  |    ||  | | | |||||| ||    |         |   |||||||  |||     |                                                            
GCAATAGAAACTGGGGTTGGCTATGGGCAGTGGCTTCATGGAGAGGCTGTTGCAGCTGGCACGgtattttttaaaaaacaaaaatatcatgaattgtacttatatttgtgtttaat-actaaagtctataggtctattttgatgaatctgtatgccaatgtacacag-----------------------------------------------------------

upper sequence: Vv04s0023g03820.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA11G08350.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GCAATAGAAACTGGGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc------cacaattttctgttttcctcatccacctccccttgttcagtcaagtctgtatacatccgcatgcaagcatgtatgctcatgggtgtatttgtgtgtccttatctctttttttgatcactatcatgtgtattctgcaccaatgtttag
||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||  | |       || ||| |  ||  ||   | | ||  |    ||  | | | |||||| ||    |         |   |||||||  |||     |                                                            
GCAATAGAAACTGGGGTAGGCTATGGGCAGTGGCTTCATGGAGAGGCTGTTGCAGCTGGCACGgtatttttttttaaaacaaaatatcgtgaattgtacttacatttgtgtttaat-actaaagtctataggtctattttcatgaatctgtatgccaatgtacacag-----------------------------------------------------------

upper sequence: Vv04s0023g03820.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA11G08350.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GCAATAGAAACTGGGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc------cacaattttctgttttcctcatccacctccccttgttcagtcaagtctgtatacatccgcatgcaagcatgtatgctcatgggtgtatttgtgtgtccttatctctttttttgatcactatcatgtgtattctgcaccaatgtttag
       |||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||  | |       || ||| |  ||  ||   | | ||  |    ||  | | | |||||| ||    |         |   |||||||  |||     |                                                            
-------AAACTGGGGTAGGCTATGGGCAGTGGCTTCATGGAGAGGCTGTTGCAGCTGGCACGgtatttttttttaaaacaaaatatcgtgaattgtacttacatttgtgtttaat-actaaagtctataggtctattttcatgaatctgtatgccaatgtacacag-----------------------------------------------------------

upper sequence: Vv04s0023g03820.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT5G66120.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
GCAATAGAAACTGGGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatccacaattttctgttttcctcatccacctccccttgttcagtcaagtctgtatacatccgcatgcaagcatgtatgctcatgggtgtatttgtgtgtccttatctctttttttgatcactatcatgtgtattctgcaccaatgtttag
|| |||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    | | | || | |  | || || | ||| || |   | | ||   || ||   ||   | | |||      || ||| ||||                                                                    
GCCATAGAAACTGGCTTTGGTTATGGAGAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCACGgtat--ctttctctatctgcgatattgctaa-ccatcttcttctctcca---aattcgagatttgttcacatt--gttatatatactcag-------------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110715477|gb|EE093574.1|EE093574
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71879469|gb|DT028524.1|DT028524
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|34548852|gb|CF517084.1|CF517084
EST:     GGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|352785790|gb|FQ475793.1|FQ475793
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71878029|gb|DT027084.1|DT027084
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71880570|gb|DT029625.1|DT029625
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71879450|gb|DT028505.1|DT028505
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71877779|gb|DT026834.1|DT026834
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71879745|gb|DT028800.1|DT028800
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|110700156|gb|EE077872.1|EE077872
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71878345|gb|DT027400.1|DT027400
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|34545869|gb|CF514101.1|CF514101
EST:     GGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|34545788|gb|CF514020.1|CF514020
EST:     GGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGATATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|351014558|gb|FQ437560.1|FQ437560
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|351034081|gb|FQ447999.1|FQ447999
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|110415781|gb|EC981714.1|EC981714
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71877851|gb|DT026906.1|DT026906
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|110417025|gb|EC983046.1|EC983046
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71877603|gb|DT026658.1|DT026658
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|37188912|gb|CF608261.1|CF608261
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|110360137|gb|EC922817.1|EC922817
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71880590|gb|DT029645.1|DT029645
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATT
EST: gi|71880998|gb|DT030053.1|DT030053
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|34548945|gb|CF517177.1|CF517177
EST:     GGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|110408342|gb|EC973977.1|EC973977
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71879800|gb|DT028855.1|DT028855
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|71880385|gb|DT029440.1|DT029440
EST:     GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
EST: gi|110424750|gb|EC991120.1|EC991120
EST:     GAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATG                         GTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT
genomic: GAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatc ... caatgtttagGTCATGGCTGTCGACATGTCATACCGCCTTGGTTGGATTGATGATTCAATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCAATAGAAACTGGGGTTGGTTATGGGCAGTGGCTCCATGGAGAAGCTGTTGCAGCTGGCATGgtatggtatccacaattttctgttttcctcatccacctccccttgttcagtcaagtctgtatacatccgcatgcaagcatgtatgctcatgggtgtatttgtgtgtccttatctctttttttgatcactatcatgtgtattctgcaccaatgtttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG