Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatcatctgtcatgtttatttttcttctggctccaattaatcttgatgctacttgtaggtagtgtgtagagtttctttggcaatgcatctttttt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g05090.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g05090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G006107_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatcatctgtcatgtttatttttcttctggctccaattaatcttga-tgctacttgtaggtagtgtgtagagtttctttggcaatgcatctttttt
|   ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||  | ||| |  | || |      |||  |   |      ||| |||| ||| | |    || |   || ||| ||| | |     |  || ||    
GGTCTGGTGGTGAAAACATATATAGTGGAAAATTTACAGgtattaaccatttagcttggtgtgaaatctgttatatagtggaaatgttgaatgcaaataacgggaaccttgcagacttt-tgtattggtctattttagac
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110687168|gb|EE064342.1|EE064342
EST:     GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG                         ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: gi|34544006|gb|CF512238.1|CF512238
EST:     GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG                         ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: gi|30295674|gb|CB972468.1|CB972468
EST:     GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG                         ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGGCTTCTGTCTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: gi|352777331|gb|FQ473965.1|FQ473965
EST:     GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG                         ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: gi|34543917|gb|CF512149.1|CF512149
EST:     GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG                         ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: gi|34550009|gb|CF518241.1|CF518241
EST:     GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG                         ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: gi|34550884|gb|CF519098.1|CF519098
EST:     GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG                         ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTTTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: gi|352765311|gb|FQ466008.1|FQ466008
EST:     GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG                         ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: gi|26262030|gb|CA813093.1|CA813093
EST:     GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG                         ATGAGTCACGCAGGGTAAAGCATGATGGACCTGGACTTCTGTCTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: gi|352772302|gb|FQ469827.1|FQ469827
EST:     GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG                         ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
EST: gi|110723917|gb|EE099287.1|EE099287
EST:     GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAG                         ATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG
genomic: GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatca ... attgtttcagATGAGTCACCCAGGCTAAAGCATGATGGACCTGGCCTTCTGTCTATGTCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAGTGGTGGTGAAAGCATATATGGTGGAAAATTTCCAGgtatccatcatctgtcatgtttatttttcttctggctccaattaatcttgatgctacttgtaggtagtgtgtagagtttctttggcaatgcatctttttt

- - TGGTGG
- - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - -  GGTGGA