1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
CAGCCCTCTTCAACCTGGGATGCTGATTTACAAAACCTTTACGGCCCAGAATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAGgtaaatacaatcaaaatgtcttgtcaatgttctgataataaagtaacaaatgacgcaaatggattaaaatatagatgatagagaccataaagagacccac...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv03s0038g04760.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAG GTCCCATTGATGCTAGCAATCTAAAGATGGAGATGTGAATCGGAACATTAAEST: gi|33408116|gb|CF213743.1|CF213743
genomic: ATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAGgtaaatacaa ... acttttgcagGTCCCATTGATGCTAGCAATCTAAAGATGGAGATGTGAATCGGAACATTAA
EST: ATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAG GTCCCATTGATGCTAGCAATCTAAAGATGGAGATGTGAATCGGAACATTAAEST: gi|110357551|gb|EC921175.1|EC921175
genomic: ATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAGgtaaatacaa ... acttttgcagGTCCCATTGATGCTAGCAATCTAAAGATGGAGATGTGAATCGGAACATTAA
EST: ATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAG GTCCCATTGATGCTAGCAATCTAAAGATGGAGATGTGAATCGGAACATTAAEST: gi|110416436|gb|EC982418.1|EC982418
genomic: ATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAGgtaaatacaa ... acttttgcagGTCCCATTGATGCTAGCAATCTAAAGATGGAGATGTGAATCGGAACATTAA
EST: ATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAG GTCCCATTGATGCTAGCAATCTAAAGAGGGAGATGTGAATCGGAACATTAAEST: gi|110358413|gb|EC922605.1|EC922605
genomic: ATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAGgtaaatacaa ... acttttgcagGTCCCATTGATGCTAGCAATCTAAAGATGGAGATGTGAATCGGAACATTAA
EST: ATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAG GTCCCATTGATGCTAGCAATCTAAAGATGGAGATGTGAATCGGAACATTAA
genomic: ATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAGgtaaatacaa ... acttttgcagGTCCCATTGATGCTAGCAATCTAAAGATGGAGATGTGAATCGGAACATTAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAGCCCTCTTCAACCTGGGATGCTGATTTACAAAACCTTTACGGCCCAGAATTTCATCAAGGAAGATTAATGTCCTTCCCATCTCAGGCAGCATTTACAGgtaaatacaatcaaaatgtcttgtcaatgttctgataataaagtaacaaatgacgcaaatggattaaaatatagatgatagagaccataaagagacccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaatata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatagaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagaga