Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGACTAATCTTCACTACAGAGGAGCCCGGGTGTTTCTTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctcatatcattcattgacttctcggtttcggttttatccctttttcttatcctcattcataataactttttctgctcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0087g00400.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110715153|gb|EE092874.1|EE092874
EST:     AGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: AGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110719772|gb|EE095190.1|EE095190
EST:     TTGCTGTCATTGAAGATCTTATGGCAAAAAGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGAGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|22010091|gb|BQ795125.1|BQ795125
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAA-TGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|37184707|gb|CF604061.1|CF604061
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|18459501|gb|BM437779.1|BM437779
EST:     GGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: GGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110698014|gb|EE075544.1|EE075544
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGANAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGGCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110375405|gb|EC940389.1|EC940389
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110685994|gb|EE063201.1|EE063201
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110687331|gb|EE064646.1|EE064646
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110701053|gb|EE078256.1|EE078256
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|28968205|gb|CB347238.1|CB347238
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110698866|gb|EE076852.1|EE076852
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|33410293|gb|CF215920.1|CF215920
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|352782414|gb|FQ470317.1|FQ470317
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110720782|gb|EE097004.1|EE097004
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGGCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110701134|gb|EE078400.1|EE078400
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|30322537|gb|CD005799.1|CD005799
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCA
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCA
EST: gi|110728091|gb|EE103366.1|EE103366
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|352764078|gb|FQ467648.1|FQ467648
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110698827|gb|EE076773.1|EE076773
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110375774|gb|EC940791.1|EC940791
EST:     TGGCAAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TGGC-AAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|352781577|gb|FQ468875.1|FQ468875
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110698396|gb|EE075846.1|EE075846
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110710999|gb|EE087696.1|EE087696
EST:     TTGCTGTCATTGANGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|33408383|gb|CF214010.1|CF214010
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|294964094|gb|GW837897.1|GW837897
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|161714707|gb|FC062675.1|FC062675
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110698242|gb|EE075557.1|EE075557
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110730159|gb|EE106923.1|EE106923
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|18458990|gb|BM437268.1|BM437268
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|34548179|gb|CF516411.1|CF516411
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|110690730|gb|EE068155.1|EE068155
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
EST: gi|352778255|gb|FQ465565.1|FQ465565
EST:     TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAAT                         GCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT
genomic: TTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctca ... ttctgctcagGCTGTTCTCTCTGGCTGCTCTGCTGGTGGGCTGACTGCCATTCTGCATTGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGACTAATCTTCACTACAGAGGAGCCCGGGTGTTTCTTGCTGTCATTGAGGATCTTATGGCAAAAGGAATGAAAAATGCTGCAAATgtatggctcatatcattcattgacttctcggtttcggttttatccctttttcttatcctcattcataataactttttctgctcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC