Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGCATGCATATTTTCCATAGTGGCAATGATTGTTGGAAGTGATGAAATTCAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggctttcttttcctaccctctattgaactaatggctaagtgaattgtaagacatcattctgatcttactgtttgattttgtttttgtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g00130.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0025g00130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA08G01990.3 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TCGCATGCATATTTTCCATAGTGGCAATGATTGTTGGAAGTGATGAAATTCAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggctttcttttcctaccctctattgaactaatggctaagtgaattgtaagacatcattctgatcttactgtttgattttgtt--tttgtag
| ||||| ||||| || || || || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  | || || |||||||||||||| || ||| |  ||       || |||| | | |     |    |   |  | | ||  || | | | | |||   ||  | |||||
TTGCATGTATATTCTCTATTGTTGCCATGATTGTGGGAAGCGATGAAATTCAAGAGGCTTCTCAGTTGCTGTCTTGTTTGGCTGACTTTGTGTACTGCACgtaaggcttcctcttc-tgtccgagtcaaaattaattgttcacactttctagaagaaggagtttgtactaattttattattccttttatctgtag

upper sequence: Vv02s0025g00130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA05G37590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
TCGCATGCATATTTTCCATAGTGGCAATGATTGTTGGAAGTGATGAAATTCAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggctttcttttcctaccctctattgaacta---atggctaagt---gaattgtaagacatcattctgatcttactgtttgattttgtttttgtag
| ||||| ||||| || || || || |||||||| |||||   |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||  | || || |||||||||||||| || ||| |  |     |  || ||   || | | | |    |   | | ||  |  | || || ||| | ||    ||| | |||||||
TTGCATGTATATTCTCTATTGTTGCCATGATTGTGGGAAGCAGTGAAATTCAAGAGGCTTCTCAGCTGCTGTCTTGTTTGGCTGACTTTGTGTACTGCACgtaaggcttcctcttc-tgtctcaagtcaaaatatatattgttcactttctagcggaaggagtttgtactaattttattattc---tttttatttgtag

upper sequence: Vv02s0025g00130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA01G43010.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TCGCATGCATATTTTCCATAGTGGCAATGATTGTTGGAAGTGATGAAATTCAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggctt-tcttttcctaccctctattgaact-----------aatggctaagtgaattgtaagac--atcatt-ctgatcttactgtttgattttgttt----ttgtag
| || ||||||||||| ||  | ||  | ||||| |||| |  |||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||  | || || |||||||||| ||| ||||||| ||  || | ||    |            || |   | |  || ||   |   ||  || || |  |||   |||  |||| |||    ||||||
TTGCCTGCATATTTTCTATTATTGCTTTAATTGTGGGAAATAGTGAAATTCGACAGGCTTCTCAATTGCTATCTTGTTTGGCTGACTTTGTCTACTGCACgtaagacttctcttttcttagtctttttttttttttatttcctttgattgtgcactttatagtggaatttattgttactaaatttatgattttgttttatttcatcttgtag

upper sequence: Vv02s0025g00130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA11G02480.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TCGCATGCATATTTTCCATAGTGGCAATGATTGTTGGAAGTGATGAAATTCAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggctt-tcttttcctaccctctattgaacta-atggctaagtgaattgtaagacatcattctgatcttactgtttgattttgtttttgtag
| || ||||||||||| ||  | ||  | ||||| |||| |  |||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||  | || || |||||||||| ||| ||||||| || |  ||  | |  |  ||   |   |  |||||   || | ||                                
TTGCCTGCATATTTTCTATTATTGCTTTAATTGTGGGAAATAGTGAAATTCGACAGGCTTCTCAATTGCTATCTTGTTTGGCTGACTTCGTCTACTGCACgtaagacttctcttttcttagctgctgcttatttttatttttcctttgattgtgc-actttatag------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110715828|gb|EE094325.1|EE094325
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|71876558|gb|DT025613.1|DT025613
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110719570|gb|EE094813.1|EE094813
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110718422|gb|EE095239.1|EE095239
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGTTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|28959770|gb|CB339886.1|CB339886
EST:     ATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: ATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110718576|gb|EE095569.1|EE095569
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAA
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110722846|gb|EE099484.1|EE099484
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|30323648|gb|CD006910.1|CD006910
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|77583957|gb|DV221019.1|DV221019
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110720498|gb|EE096475.1|EE096475
EST:     CAAGAAGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAA
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110720581|gb|EE096628.1|EE096628
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|22012649|gb|BQ797683.1|BQ797683
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|26261997|gb|CA813060.1|CA813060
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|77583228|gb|DV220653.1|DV220653
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110717840|gb|EE094048.1|EE094048
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110709314|gb|EE084676.1|EE084676
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAA
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|161713830|gb|FC063465.1|FC063465
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|34546969|gb|CF515201.1|CF515201
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110706381|gb|EE081855.1|EE081855
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|30329119|gb|CD012381.1|CD012381
EST:     GCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: GCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|156738897|gb|EV243018.1|EV243018
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110423379|gb|EC989724.1|EC989724
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|32249632|gb|CD715451.1|CD715451
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110711755|gb|EE088596.1|EE088596
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110719017|gb|EE096514.1|EE096514
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110719739|gb|EE095129.1|EE095129
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|34416499|gb|CF415253.1|CF415253
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|30305064|gb|CB981858.1|CB981858
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|32458941|gb|CD800115.1|CD800115
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|161718232|gb|FC066020.1|FC066020
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|71873346|gb|DT022401.1|DT022401
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|30298828|gb|CB975622.1|CB975622
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|28959960|gb|CB339981.1|CB339981
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|349827844|gb|FQ422712.1|FQ422712
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|30305007|gb|CB981801.1|CB981801
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|34547057|gb|CF515289.1|CF515289
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|26263053|gb|CA814116.1|CA814116
EST:     GCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: GCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110364333|gb|EC923898.1|EC923898
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110718516|gb|EE095437.1|EE095437
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110719159|gb|EE096816.1|EE096816
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAA
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110728525|gb|EE104171.1|EE104171
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAA
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|71856874|gb|DT005929.1|DT005929
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110371545|gb|EC935656.1|EC935656
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|294966746|gb|GW837765.1|GW837765
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATG
EST: gi|161717044|gb|FC066540.1|FC066540
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110718395|gb|EE095180.1|EE095180
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GTTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG
EST: gi|110686261|gb|EE063699.1|EE063699
EST:     CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCAC                         GGTTTGTGCATGTATGCAG
genomic: CAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggcttt ... gtttttgtagGGTTTGTGCATGTATGCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCGCATGCATATTTTCCATAGTGGCAATGATTGTTGGAAGTGATGAAATTCAAGAGGCTTCTCAGTTACTATCTTGTTTGGCTGATATGGTATATTGCACgtaaggctttcttttcctaccctctattgaactaatggctaagtgaattgtaagacatcattctgatcttactgtttgattttgtttttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT