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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTGGCACGCCCAAATGCACCACTTGGATATGGGCTCTGTTTCTTGAACCTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcctactgaagttttttctgtactgcaatgactattattgagaaaactaactcgttgttaatgggtccaaagacattagtagtgctttcctttt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0026g01890.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0026g01890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA02G02330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
AGTTGGCACGCCCAAATGCACCACTTGGATATGGGCTCTGTTTCTTGAACCTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcctactgaagttt-tttctgtactgcaatgactattattgagaaaactaactcgttgtta--atgggtccaaagacattagta-gtgctttcctttt
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AGCTGGCACATCCAAATGCTCCCCTTGGATATGGGTTGTGTTTCCTGAACCTTGCTTTTGATGGATTTACCAATGCAACCCAGGATTCTTTAAAAGCAAGgtaataa--tagagaagctcctctctcttttgttctggca--tacagaaattcctgtctgtctgatgtcatgcaaactaccaaatttgcacatgcaattccttg

upper sequence: Vv01s0026g01890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA01G05170.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
AGTTGGCACGCCCAAATGCACCACTTGGATATGGGCTCTGTTTCTTGAACCTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcctactgaagttttt-tctgtac--tgcaatgactattattgagaaaactaactcgttgttaatgggtccaaagacattagtagtgctttcctttt
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AGCTGGCACATCCAAATGCTCCCCTTGGATATGGGTTGTGTTTCCTGAACCTTGCTTTTGATGGATTTACCAATGCAACTCAGGATTCTTTAAAAGCAAGgtaataa--tagagaaattcctgtctgtctgatgtcatgcaaactaccaaatttgcaaatgcaat-tccttgatttcctctttactttttcacccccccttat

upper sequence: Vv01s0026g01890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT1G14360.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
AGTTGGCACGCCCAAATGCACCACTTGGATATGGGCTCTGTTTCTTGAACCTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcctactgaagttttttctg-tactgcaat--gactattattgagaaaactaactcgttgttaatgggtccaaagacattagtagtgctttcctttt
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AGCTAGCACATCCCAATGCACCCCTTGGTTACGGGCTTTGCTTCTTAAACCTTGCCTTTGATGGATTCACAAACGCAACCCAGGATTCCATTACCGCAAGgtatgactct--tgacattctgtcagatacttaacccagtctgacatctacaacatggtctagatgttgg-acattaatcatcgccatacatggatacag---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351036826|gb|FQ459348.1|FQ459348
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGAATGTAATGTTCGGAATGAATTTATGGG
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EST: gi|352786451|gb|FQ479060.1|FQ479060
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAAATGA-TTTATGGG
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAA-TGAATTTATGGG
EST: gi|351055698|gb|FQ452163.1|FQ452163
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCGCAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
EST: gi|351036783|gb|FQ457496.1|FQ457496
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
EST: gi|351035500|gb|FQ463345.1|FQ463345
EST:     CTTACATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
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EST: gi|351032227|gb|FQ460484.1|FQ460484
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTTTGGGG
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EST: gi|351038988|gb|FQ457663.1|FQ457663
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EST: gi|351036168|gb|FQ464013.1|FQ464013
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EST: gi|351044156|gb|FQ452829.1|FQ452829
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
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EST: gi|351016418|gb|FQ423845.1|FQ423845
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EST: gi|351032288|gb|FQ461541.1|FQ461541
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EST: gi|351053959|gb|FQ441725.1|FQ441725
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EST: gi|351054140|gb|FQ450222.1|FQ450222
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EST: gi|351056081|gb|FQ453542.1|FQ453542
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EST: gi|351052635|gb|FQ452547.1|FQ452547
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCGCAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
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EST: gi|110702475|gb|EE081231.1|EE081231
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
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EST: gi|351032936|gb|FQ461825.1|FQ461825
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
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EST: gi|352799046|gb|FQ480895.1|FQ480895
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EST: gi|351046246|gb|FQ442624.1|FQ442624
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
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EST: gi|351044120|gb|FQ452793.1|FQ452793
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EST: gi|351052169|gb|FQ450739.1|FQ450739
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EST: gi|349808285|gb|FQ403472.1|FQ403472
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
EST: gi|351037946|gb|FQ465184.1|FQ465184
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCCAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
EST: gi|351034699|gb|FQ458056.1|FQ458056
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
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EST: gi|351038871|gb|FQ457546.1|FQ457546
EST:     CTTGCGTTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
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EST: gi|351039167|gb|FQ457842.1|FQ457842
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTTCGGA-TGAA
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTT-CGGAATGAA
EST: gi|351057147|gb|FQ450854.1|FQ450854
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATACCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCTAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
EST: gi|349833245|gb|FQ416623.1|FQ416623
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTAATGGGG
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EST: gi|352786716|gb|FQ479923.1|FQ479923
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCCGAATGAATTTATGGGG
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EST: gi|351045999|gb|FQ441382.1|FQ441382
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
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EST: gi|351038382|gb|FQ461074.1|FQ461074
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
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EST: gi|351042885|gb|FQ451179.1|FQ451179
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAAATTATGGGG
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
EST: gi|351043239|gb|FQ443960.1|FQ443960
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCCTGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
EST: gi|351044055|gb|FQ452728.1|FQ452728
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGATTTTATGGGG
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
EST: gi|351039174|gb|FQ457849.1|FQ457849
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
EST: gi|352789934|gb|FQ479544.1|FQ479544
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
genomic: CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcct ... tcttgtgcagGTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
EST: gi|351032986|gb|FQ461875.1|FQ461875
EST:     CTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAG                         GTACCCAAAGACAAGTGCATGGGATATAATGTTCGGAATGAATTTATGGGG
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTTGGCACGCCCAAATGCACCACTTGGATATGGGCTCTGTTTCTTGAACCTTGCATTTGATGGATTCACAAATGCCACACAGGATTCAATAACAGCAAGgtattctcctactgaagttttttctgtactgcaatgactattattgagaaaactaactcgttgttaatgggtccaaagacattagtagtgctttcctttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagaca