1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TTGACTGAGAAGCCAATAGTTGTTTATCCCAATAGTGGTGAGGTATGGGACGGTAGAGCCAAGAGATGGCTGgtgagtcccacactaaatttctcatccgttatgttgtgaattttttataatttcatatgctaaaccaatttctctatggttttgattggcag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0011g03500.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTATCCCAATAGTGGTGAGGTATGGGACGGTAGAGCCAAGAGATGGCTG CCATCAAAGTGTTTCGGTGATGACAAATTTGAGTTGTATGCAACAAAATGGEST: gi|45770242|gb|CN006094.1|CN006094
genomic: TTTATCCCAATAGTGGTGAGGTATGGGACGGTAGAGCCAAGAGATGGCTGgtgagtccca ... tgattggcagCCATCAAAGTGTTTCGGTGATGACAAATTTGAGTTGTATGCAACAAAATGG
EST: TTTATCCCAATAGTGGTGAGGTATGGGACGGTAGAGCCAAGAGATGGCTG CCATCAAAGTGTTTCGGTGATGACAAATTTGAGTTGTATGCAACAAAATGGEST: gi|32269666|gb|CD718825.1|CD718825
genomic: TTTATCCCAATAGTGGTGAGGTATGGGACGGTAGAGCCAAGAGATGGCTGgtgagtccca ... tgattggcagCCATCAAAGTGTTTCGGTGATGACAAATTTGAGTTGTATGCAACAAAATGG
EST: TTTATCCCAATAGTGGTGAGGTATGGGACGGTAGAGCCAAGAGATGGCTG CCATCAAAGTGTTTCGGTGATGACAAATTTGAGTTGTATGCAACAAAATGG
genomic: TTTATCCCAATAGTGGTGAGGTATGGGACGGTAGAGCCAAGAGATGGCTGgtgagtccca ... tgattggcagCCATCAAAGTGTTTCGGTGATGACAAATTTGAGTTGTATGCAACAAAATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGACTGAGAAGCCAATAGTTGTTTATCCCAATAGTGGTGAGGTATGGGACGGTAGAGCCAAGAGATGGCTGgtgagtcccacactaaatttctcatccgttatgttgtgaattttttataatttcatatgctaaaccaatttctctatggttttgattggcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG