Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTTATTACAGGAACTTGCTCAGGAGTCTGGACATGGTTTAGGAATAGCGACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTGgtaagtttgccttgttgaactattttttattctgcagtagtagttccataacttatttatgattcttattcactaaatcttgcgggaattcttggataca...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0011g03220.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71889879|gb|DT038934.1|DT038934
EST:     ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTG                         GTGGGACTTGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
genomic: ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTGgtaagtttgc ... acaattgtagGTGGGACTGGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
EST: gi|71884035|gb|DT033090.1|DT033090
EST:     ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTG                         GTGGGACTTGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
genomic: ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTGgtaagtttgc ... acaattgtagGTGGGACTGGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
EST: gi|71885737|gb|DT034792.1|DT034792
EST:     ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTG                         GTGGGACTTGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
genomic: ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTGgtaagtttgc ... acaattgtagGTGGGACTGGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
EST: gi|71889829|gb|DT038884.1|DT038884
EST:     ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTG                         GTGGGACTTGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
genomic: ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTGgtaagtttgc ... acaattgtagGTGGGACTGGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
EST: gi|110368335|gb|EC932308.1|EC932308
EST:     ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTG                         GTGGGACTTGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
genomic: ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTGgtaagtttgc ... acaattgtagGTGGGACTGGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
EST: gi|71886286|gb|DT035341.1|DT035341
EST:     TGGGAATGATCTTG                         GTGGGACTTGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
genomic: TGGGAATGATCTTGgtaagtttgc ... acaattgtagGTGGGACTGGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
EST: gi|110427698|gb|EC994148.1|EC994148
EST:     ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTG                         GTGGGACTTGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
genomic: ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTGgtaagtttgc ... acaattgtagGTGGGACTGGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
EST: gi|110362607|gb|EC926152.1|EC926152
EST:     ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTG                         GTGGGACTTGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
genomic: ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTGgtaagtttgc ... acaattgtagGTGGGACTGGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
EST: gi|71882413|gb|DT031468.1|DT031468
EST:     ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTG                         GTGGGACTTGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT
genomic: ACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTGgtaagtttgc ... acaattgtagGTGGGACTGGCAATGGTTGTGGTGGAAAGTGCTGTTACATCCATATACATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTTATTACAGGAACTTGCTCAGGAGTCTGGACATGGTTTAGGAATAGCGACAGAGTGATTATGGTGGGATCTACTGCTATGTTGATGGGAATGATCTTGgtaagtttgccttgttgaactattttttattctgcagtagtagttccataacttatttatgattcttattcactaaatcttgcgggaattcttggataca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG