Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGGACTGTATTATGTGGACAGTGAAGGGGGCAGGCTGAAAGGAACACGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctttttttgcccctttattcctgttatctgttgctctttgcatgtttgagctatatcagtggatatttcatttccaaatatctaatggaaatt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g02900.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
CTGGACTGTATTATGTGGACAGTGAAGGGGGCAGGCTGAAAGGAACACGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctttttttgcccctttattcctgttatctgttgctctttgcatgtttgagctatatcagtggatatttcatttccaaatatctaatggaaatt
|||| || |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |  ||||   |  ||    | ||  ||||   || | | || |  |||||        ||    || |   ||   ||||| ||     | |||||         
CTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGACAGCGGgt---tagttaaacttcctatttaa--ctatcacctataactcttc-------tgccaaattttgttgacaatttccttgttgtacatctag--------

upper sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA04G37030.3 (Glycine max), 5'ss of exon 6
CTGGACTGTATTATGTGGACAGTGAAGGGGGCAGGCTGAAAGGAACACGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctttttttgcccctttattcctgttatctgttgctctttgcatgtttgagctatatcagtggatatttcatttccaaatatctaatggaaatt
|||| || |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||  ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||  ||     |||     || | |  || | | || |  |||||    ||    |  |   |      || |     ||  | ||| |||         
CTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATAGCGGgttagttaaacttt-----ctatttaactatcacctataactcttc---tgcc-aaatttcgttgacaaatttccttgttatacata-ctag--------

upper sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: PP1S2_300V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
CTGGACTGTATTATGTGGACAGTGAAGGGGGCAGGCTGAAAGGAACACGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctttttttgcccctttattcctgttatctgttgctct-ttgcatgtttgagctatatcagtggatatttcatttccaaa--tatctaatggaaatt
| || || || || |||||||| || ||||||||  |||| || ||||| ||||||||||||||||| ||  | || || ||||||||||| ||||  | |||         |  |   | |||    || ||   |||| | |  ||||    |||  | ||||  |     |  | |||   |   | | ||||  |  | 
CAGGCCTATACTACGTGGACAGCGAGGGGGGCAGAGTGAAGGGCACACGCTTCTCTGTTGGATCTGGGTCTACCTACGCATATGGTGTACTCGATACAGTgtaaagaacggataggttgcgttaaaaatgatac--gttgttgtgctgcacagatgatgtctatccattatcttgccgtttgttatgttttataattcatgt-

upper sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: PP1S39_347V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
CTGGACTGTATTATGTGGACAGTGAAGGGGGCAGGCTGAAAGGAACACGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctttttttgccccttt---attcctgttatc-tgttgctc--tttgcatgtttgagctatatcagtggatatt-tcatttccaaatatctaatggaaatt-------------------------------------------------------------
| ||  | || ||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||  |||||  | |  ||     ||   |       |||| | | || ||  |  ||   || ||     | | ||| | ||| || |   ||    || |   ||||  |||                                                             
CAGGCTTATACTATGTGGACAGTGAAGGTGGCAGGGTGAAGGGCACACGTTTCTCCGTTGGATCTGGCTCTACTTATGCATATGGTGTACTCGATACAGGgtaattacacttaaaatccagatcaaggatctgtgaacatggtggacggttattatcttgattttttttcatttgattttcttgattttgtatcttagatggccattctttgcatcaactcatttctgtacttgttgactatgtttgtttgttgctcattttttacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351020097|gb|FQ445704.1|FQ445704
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110697158|gb|EE073899.1|EE073899
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAAACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110377163|gb|EC942221.1|EC942221
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110416438|gb|EC982420.1|EC982420
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110687524|gb|EE065028.1|EE065028
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAAGAAGCTGCTGAATTGGCTAAACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110400292|gb|EC966850.1|EC966850
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|156735848|gb|EV239969.1|EV239969
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|45368186|gb|CK906545.1|CK906545
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110698339|gb|EE075751.1|EE075751
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110361238|gb|EC924696.1|EC924696
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|71871573|gb|DT020628.1|DT020628
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110723155|gb|EE100145.1|EE100145
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110727856|gb|EE105095.1|EE105095
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAAGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|33111221|gb|CF074565.1|CF074565
EST:     GTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: GTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110733141|gb|EE109075.1|EE109075
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAAGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110690175|gb|EE067043.1|EE067043
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110358305|gb|EC922422.1|EC922422
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|37188874|gb|CF608223.1|CF608223
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110365001|gb|EC928674.1|EC928674
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110367168|gb|EC931094.1|EC931094
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110718057|gb|EE094454.1|EE094454
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110401821|gb|EC968442.1|EC968442
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|351033347|gb|FQ446579.1|FQ446579
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110397717|gb|EC963560.1|EC963560
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|30131617|gb|CB916956.1|CB916956
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110364655|gb|EC928066.1|EC928066
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110372494|gb|EC936666.1|EC936666
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110691315|gb|EE069273.1|EE069273
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110397937|gb|EC963940.1|EC963940
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGCTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110732056|gb|EE107008.1|EE107008
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110726596|gb|EE102526.1|EE102526
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGA                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAAGAAGCTGCTGAATTGGCTAGAAGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
EST: gi|110368695|gb|EC932705.1|EC932705
EST:     TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGG                         ATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC
genomic: TTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctt ... ctcatggcagATACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGGACTGTATTATGTGGACAGTGAAGGGGGCAGGCTGAAAGGAACACGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATAATGGgtatgtgctttttttgcccctttattcctgttatctgttgctctttgcatgtttgagctatatcagtggatatttcatttccaaatatctaatggaaatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atggaaa