Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTATTATGCTACAGCTATTCGAGCTACCAGAATTAAAACAGCACCTGTTCATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagttacattggccttctgctttagatttagagttgagttgttttttgacatttgggataaaaaaaacttttattctgaattaagtttaagcatg...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0313g00030.t01
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0313g00030.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA01G02850.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
AGTATTATGCTACAGCTATTCGAGCTACCAGAATTAAAACAGCACCTGTTCATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagttacattggccttctgctttagat-ttagagt-tgagttgttttttga----catttgggataaaaaaaacttttattctgaattaagtttaagcatg
|||||||||     ||||||||||  |||||||| ||  | |||||||| ||||| |||||  | ||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||  |||  ||| |     |  | || || || |||  |  ||| ||     || |    || || | |||| || | |   |  | ||| ||| | |  |     
AGTATTATGGCTTGGCTATTCGAGAAACCAGAATCAAGGCTGCACCTGTGCATGCATCAGCCTACTGGTATCTGGAGAATGTTTTGCCTGTCCTACAGAGgttggtatctacctgaatttgttactgtaaatgttaaggcatgacttaaaggttcaggttcaattagtataacaatagcagattctatga-ttatgctgga-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34549133|gb|CF517365.1|CF517365
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCCCCGTCTGGCTTTCAACAA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: gi|161716901|gb|FC068123.1|FC068123
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTG
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTG
EST: gi|110724909|gb|EE101147.1|EE101147
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTANANAG                         TTATGGAATTGCTGNCA-TTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTG-CAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACA
EST: gi|46917634|gb|CN546963.1|CN546963
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: gi|161714330|gb|FC062631.1|FC062631
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGC
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGC
EST: gi|33409871|gb|CF215498.1|CF215498
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGC
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGC
EST: gi|351032719|gb|FQ462433.1|FQ462433
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGCTGCAATTGNCCCCATTCTCC-ACCGTCTGGCTTTCAACA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTG-CCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACA
EST: gi|30135746|gb|CB921084.1|CB921084
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: gi|352782495|gb|FQ470398.1|FQ470398
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGCTGGCA-TTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTG-CAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACA
EST: gi|352794755|gb|FQ475253.1|FQ475253
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAA
EST: gi|29786039|gb|CB343476.2|CB343476
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: gi|352785495|gb|FQ477709.1|FQ477709
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTACCGAATTGCTGCCATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTT
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTT
EST: gi|351016529|gb|FQ423956.1|FQ423956
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: gi|351018711|gb|FQ425613.1|FQ425613
EST:     CATGCTTCAGCTAAATGATATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
EST: gi|351013796|gb|FQ433948.1|FQ433948
EST:     CATGCTTCAGCTAAGTGGTATCTGGACTATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGGATTGCTGCAATTG
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTG
EST: gi|352773927|gb|FQ473059.1|FQ473059
EST:     CATGCTTCAACTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAG                         TTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA
genomic: CATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagtt ... aaatggtcagTTATGGAATTGCTGCAATTGCCCCATTCTCCCACCGTCTGGCTTTCAACAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTATTATGCTACAGCTATTCGAGCTACCAGAATTAAAACAGCACCTGTTCATGCTTCAGCTAAATGGTATCTGGACAATGTCTTGCCTGTGCTAGAGAGgtcagtagttacattggccttctgctttagatttagagttgagttgttttttgacatttgggataaaaaaaacttttattctgaattaagtttaagcatg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaa