Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTTACTCCACCCCAAACCCAGCCAATAATTCACCCTACTTCAGTCTACGATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttatgaaaaatgttgtgtatcctatttgtttcctgccctgctcagaaatgttcttccagcttcaagtactcacatttagttggcttccccttca...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g01180.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161720688|gb|FC069937.1|FC069937
EST:     GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAG                         CTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAAATGTATTAATGGAAAT
genomic: GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttat ... tttaatgcagCTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
EST: gi|110697681|gb|EE074884.1|EE074884
EST:     GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAG                         CTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTTGCAGATGTATTAATGGAAAT
genomic: GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttat ... tttaatgcagCTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
EST: gi|77587150|gb|DV222704.1|DV222704
EST:     GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAG                         CTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
genomic: GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttat ... tttaatgcagCTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
EST: gi|110724482|gb|EE100348.1|EE100348
EST:     GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAG                         CTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTTGCAGATGTATTAATGGAAAT
genomic: GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttat ... tttaatgcagCTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
EST: gi|32269534|gb|CD718693.1|CD718693
EST:     GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAG                         CTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
genomic: GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttat ... tttaatgcagCTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
EST: gi|110696101|gb|EE074878.1|EE074878
EST:     GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAG                         CTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTTGCAGATGTATTAATGGAAAT
genomic: GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttat ... tttaatgcagCTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
EST: gi|161716239|gb|FC066502.1|FC066502
EST:     GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAG                         CTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAAGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
genomic: GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttat ... tttaatgcagCTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
EST: gi|161718465|gb|FC067304.1|FC067304
EST:     GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAG                         CTTGCTAGAGATGCAAAATGCT
genomic: GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttat ... tttaatgcagCTTGCTAGAGATGCAAAATGCT
EST: gi|110721049|gb|EE097599.1|EE097599
EST:     GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAG                         CTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCANGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
genomic: GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttat ... tttaatgcagCTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
EST: gi|161717089|gb|FC069551.1|FC069551
EST:     GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAG                         CTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT
genomic: GATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttat ... tttaatgcagCTTGCTAGAGATGCAAAATGCTCAGGGACTCGCAGATGTATTAATGGAAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTTTACTCCACCCCAAACCCAGCCAATAATTCACCCTACTTCAGTCTACGATGATGCAGCTGTTCAAGCCTCTCTTCAGTCTGATTCTTCTGGCCTCAGgtactgttatgaaaaatgttgtgtatcctatttgtttcctgccctgctcagaaatgttcttccagcttcaagtactcacatttagttggcttccccttca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttcccc