Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATAGTGATTGGGAGCCCTTGCCGGGGCCTACAGCAGTCATAAGGTGGTTTTGTGTCAATTGTACGATGGCTAACCAAGACGATGTTGTACATTGTGATgtatgattaatattttcagcttcttttgagatactaattttggatgtcatttttttctgtttggtttgccatacatatttcgatacatggataatggacttccaataaactatctcttttgtaaaaggatttgtggttgtctatgtataacttgatacagtctccttcatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g04120.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|294966627|gb|GW839618.1|GW839618
EST:     TTTGTGTCAATTGTACGATGGCTAACCAAGACGATGTTGTACATTGTGAT                         ATATGTGGGGAACATAAAGAATCCGGAATCCTCAAGCATGGGTTTTTTGCA
genomic: TTTGTGTCAATTGTACGATGGCTAACCAAGACGATGTTGTACATTGTGATgtatgattaa ... cttcatgcagATATGTGGGGAACATAAAGAATCCGGAATCCTCAAGCATGGGTTTTTTGCA
EST: gi|352769473|gb|FQ471622.1|FQ471622
EST:     TTTGTGTCAATTGTACGATGGCTAACCAAGACGATGTTGTACATTGTGAT                         ATATGTGGGGAACATAAAGAATCCGGAATCCTCAAGCATGGGTTTTTTGCA
genomic: TTTGTGTCAATTGTACGATGGCTAACCAAGACGATGTTGTACATTGTGATgtatgattaa ... cttcatgcagATATGTGGGGAACATAAAGAATCCGGAATCCTCAAGCATGGGTTTTTTGCA
EST: gi|161714632|gb|FC064222.1|FC064222
EST:     TTTGTGTCAACTGTACGATGGCTAACCAAGACGATGTTGTACATTGTGAT                         ATATGTGGGGAACATAAAGAATCCGGAATCCTCAAGCATGGGTTTTTTGCA
genomic: TTTGTGTCAATTGTACGATGGCTAACCAAGACGATGTTGTACATTGTGATgtatgattaa ... cttcatgcagATATGTGGGGAACATAAAGAATCCGGAATCCTCAAGCATGGGTTTTTTGCA
EST: gi|352782355|gb|FQ470258.1|FQ470258
EST:     TTTGTGTCAATTGTACGATGGCTAACCAAGACGATGTTGTACATTGTGAT                         ATATGTGGGGAACATAAAGAATCCGGAATCCTCAAGCATGGGTTTTTTGCA
genomic: TTTGTGTCAATTGTACGATGGCTAACCAAGACGATGTTGTACATTGTGATgtatgattaa ... cttcatgcagATATGTGGGGAACATAAAGAATCCGGAATCCTCAAGCATGGGTTTTTTGCA