Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCGGTGCAGGTTAATGGGACTTTCATCAAGAGGGGTACCAGCTGTGTCCTTAACTCAGGGGATGAGGTGGTCTTTGGTTTGCTGGGGAACCATGCTTATgtatcctttcctttagtttgaagatggtttttccaattggcttttttgtttgttggattttattgattgtttatccttctttatactttgctttattcatataactttatgtcatatggtctgtttttttttcccttaatttttctttgttatag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g01550.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U12 (go to U12 genes for details)

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g01550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA06G17940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TTCGGTGCAGGTTAATGGGACTTTCATCAAGAGGGGTACCAGCTGTGTCCTTAACTCAGGGGATGAGGTGGTCTTTGGTTTGCTGGGGAACCATGCTTATgtatcc------tttcctttagtttgaagatggtttttc-caattggcttttttgtttgttggattttattgattgtttatccttctttatactttgctttattcatataactttatgtcatatggtctgtttttttttcccttaatttttctttgttatag
 |||||    || ||||||||| || |||||||| || ||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||      |||  ||   ||||||  | |||  || | | ||   ||||     |  | ||| |  | ||| | |||     |   |   ||   | |||    | ||  | | |      || ||  |   ||  |||| |||| | ||||   |||
ATCGGTTGTAGTGAATGGGACTCTCGTCAAGAGGAGTGCCAGCTGCGTGCTTAACTCGGGGGATGAGGTGGTTTTTGGTTTGCTGGGGAATCATTCTTATgtatccttttgctttttttgtatttgaaagtcgttcctcgctactgttcttttctaaaggagaattatcataattttctatttgcttcattgtcttaagtcattt---tgaccctttctttctgtgtttgcatgggtt--ccttgatttat-tttgacctag

upper sequence: Vv17s0000g01550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA17G13850.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
TTCGGTGCAGGTTAATGGGACTTTCATCAAGAGGGGTACCAGCTGTGTCCTTAACTCAGGGGATGAGGTGGTCTTTGGTTTGCTGGGGAACCATGCTTATgtatcctttcctttagtttgaagatggtttttccaattggcttttttgtttgttggattttattgattgtttatccttctttatactttgctttattcatataactttatgtcatatggtctgtttttttttcccttaatttttctttgttatag
                                    |||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||| |||| || || ||| |||||||||||||| | || |||    |     | ||    |||  ||| ||   ||     | | | | || |  | |  |   ||||   | | || |||  | | |                                                   
-----------------------------------ATACCAGCTGTGTACTTAACTCGGGTGATGAAGTGGTTTTTGGTGTGCTTGGAAATCATTCTTATGTATCCTTTTCATTTGTTCAGTGGAATGTATTT---TTg--tttcttaaatgagaagtatcagttatagaat-ttgtcaattatcagtagtttcatttttctcaag-------------------------------------------------