Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGCACACTCAAAATAACACTGAATTGAGTCTCAGTGGACCCACTGGACAAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAGgtaattcttttgactacaagctgatcattcttattgtcatataaattccatgtgtaggttccataataggttagccagcaccatattgagtctcttggct...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0100g00320.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0100g00320.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA09G27300.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
ATGGCACACTCAAAATAACACTGAATTGAGTCTCAGTGGACCCACTGGACAAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAGgtaattcttttgactacaagctgatcat-tcttattgtcatataaattccatgtgtaggttccataataggttagcc---agcaccatattgagtctcttggct
 ||| |||| ||||||    | ||  | ||||| | ||| ||   |||||||||||||||| | |||||   ||||||| ||||||||||||||  |||||||| | ||||   | |    |||  || | ||  | | || || | || |||| |   ||   | |||   ||| |   |   | || |||| | ||||    
CTGGAACACACAAAATTTATCGGAGCTAAGTCTAAATGGTCCTGTTGGACAAGTTTATGCACTTGTTGTGAATAATGATATGCTCTTTGCTGGTACACAGgtaaatattttctttcccctttgacaatgtttttgttttatttagagtc-atgttttattttt-tgatacagtagtcctgatttcaatgttgattatcttca--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22009453|gb|BQ794487.1|BQ794487
EST:     AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAG                         GATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
genomic: AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAGgtaattcttt ... tctgctgcagGATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
EST: gi|351049271|gb|FQ429014.1|FQ429014
EST:     AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAG                         GATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGT
genomic: AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAGgtaattcttt ... tctgctgcagGATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGT
EST: gi|349829433|gb|FQ419965.1|FQ419965
EST:     AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAG                         GATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCAAACTGCTTTGAA
genomic: AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAGgtaattcttt ... tctgctgcagGATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
EST: gi|30322438|gb|CD005700.1|CD005700
EST:     TTTGCTGGTGTA-AG                         GATGGAGC-CTACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
genomic: TTTGCTGGTGTACAGgtaattcttt ... tctgctgcagGATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
EST: gi|161721021|gb|FC069636.1|FC069636
EST:     AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAG                         GATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
genomic: AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAGgtaattcttt ... tctgctgcagGATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
EST: gi|22009470|gb|BQ794504.1|BQ794504
EST:     AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAG                         GATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
genomic: AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAGgtaattcttt ... tctgctgcagGATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
EST: gi|22009471|gb|BQ794505.1|BQ794505
EST:     AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAG                         GATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
genomic: AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAGgtaattcttt ... tctgctgcagGATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
EST: gi|30305654|gb|CB982448.1|CB982448
EST:     AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAG                         GATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
genomic: AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAGgtaattcttt ... tctgctgcagGATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
EST: gi|34545194|gb|CF513426.1|CF513426
EST:     AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCCCTTTGCTGGTGTACAG                         GATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
genomic: AAGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTGCTCTTTGCTGGTGTACAGgtaattcttt ... tctgctgcagGATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
EST: gi|34546189|gb|CF514421.1|CF514421
EST:     AGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATC-GACCCTTTGCGGGTGTACAG                         GATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA
genomic: AGTTTATGCATTGGTTGTTGGTAATGATCTG-CTCTTTGCTGGTGTACAGgtaattcttt ... tctgctgcagGATGGAGCAATACTGGCATGGAAATTTAATGCAGTTTCCAACTGCTTTGAA