Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGATGTTGAAAATCCATGTGTGATAATGAGTCAAGACAAAAGCAGAGAATTTTTGCATTCAGGGAATGACAAAGATAAATTCAAGgtaatgtgcatgaatgaacattgcatgtgtgcagcatgcacactatgtcaatataccttagctatgacactaacacagtatttactcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0013g00490.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0013g00490.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G025340_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
ATTGATGTTGAAAATCCATGTGTGATAATGAGTCAAGACAAAAGCAGAGAATTTTTGCATTCAGGGAATGACAAAGATAAATTCAAGgtaatgtgcatgaatg-aacattgcatgtgtgcagcatgcacac-tatgtcaatataccttagctat--gacactaacaca-gtatttactcag-------
||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||   |   ||| ||     ||    |||   || ||      | ||| |   |  |   | |   |  | ||  || ||   |  ||||       
ATTGAAGTTGAAAACCCTTGTGTAATTATGAGTCAAGACAAAAGCAGAGAGTTTTTACATTCAGGAAATGACAAGGATAAGTTCAAGgtattgaaaaactatgcaatggaacacaaatgccttattcatgtgcttttcagtcatctattattgtcaaatgcaaattcatgtggctg-tcagtggtctg

upper sequence: Vv16s0013g00490.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT5G61460.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
ATTGATGTTGAAAATCCATGTGTGATAATGAGTCAAGACAAAAGCAGAGAATTTTTGCATTCAGGGAATGACAAAGATAAATTCAAGgtaatgtgcatgaatgaacattgcatgtgtgcagcatgcacactatgtcaatataccttagctatgacactaacacagtatttactcag
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||||||||||||||||||||||     | |||||  | ||   || | |  |       ||   ||| | |||  || |    |  | ||| |  ||           
ATTGATGTTGAAAATCCGTGTGTGGTAATGAGTCAAGACAAAAGCAGGGAGTTCTTACATTCTGGAAATGACAAAGATAAATTCAAGgtatgtcacgtgaattgatat---atatatcaaagtcaaccatgttgttattatggctgaaaattttcgctatc-tag-----------

upper sequence: Vv16s0013g00490.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT5G07660.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
ATTGATGTTGAAAATCCATGTGTGATAATGAGTCAAGACAAAAGCAGAGAATTTTTGCATTCAGGGAATGACAAAGATAAATTCAAGgtaatgtgcatgaatgaacattgcatgtgtgcagcatgcacactatgtcaatataccttagctatgacactaacacagtatttactcag
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || || || ||||| || || |||||||||||||||||||||       | |||      || | | |   ||   | | | |  ||  |||    |||   |   |  |    | |||         
ATTGATGTTGAGAATCCCTGTGTGATAATGAGTCAAGACAAGAGCAGGGAGTTCTTACATTCTGGTAACGACAAAGATAAATTCAAGgtatatcctgtaaat-----ctgtacgcgctgag---gtaaatttagttgata-gttttactgaatgcttttgttccgtag--------