1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
TCGTATTCTTGGTCTGGGTGACCTTGGAGTTCAGGGAATTGGAATTCCTATTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcagctcctcattctgtgtgcatgtgcatatgttcatacacctttttaagcacaaacacaggcacatggttcctggatgacaaaggggaagtgc...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0046g03670.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGGTATCA-TCCACAGAAGA -TACTTCCAATTATGCTTGATGGNTGGCACTAACA-CCAAAG-CTTCTCGEST: gi|110685703|gb|EE062665.1|EE062665
genomic: GGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGG-TATCAATCCACAGA-GAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGT-TGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCG
EST: NNNGAA-CT-GATATGTATGNTGCTGCTGCTGGTNATCA-TC-ACAGAGA ATACTTCCAAT-ATGCTTGATEST: gi|110711784|gb|EE088657.1|EE088657
genomic: G--GAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGT-ATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGAT
EST: TTGGGAAACTTGATATGTAAGTTGCTGCTGCTGGTATCCATCC-CAAAGA AAACTTCCA-TTAAGCTTGATGTTGGCCAC-AACAACCAA-GGCTTCTCGAEST: gi|110710958|gb|EE087607.1|EE087607
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGC-ACTAACAACCAAAGGCTTCTCGA
EST: TTGGGAA-CTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCA-TCC-CAGAAA ATACTTTCCATTT-TGCTTGATGTTGGCACCTAACAACAAAAGCCTTCTC-EST: gi|110698263|gb|EE075598.1|EE075598
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTT-CCAATTATGCTTGATGTTGGCAC-TAACAACCAAAGGCTTCTCG
EST: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGA ATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAAEST: gi|110711356|gb|EE087746.1|EE087746
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAA
EST: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCA-TCCACAGAGA -TACTTC-AATTATGCTTGATGTTGGCACTA-CAAC-AAAGGCTTCTCGAAEST: gi|110699671|gb|EE076873.1|EE076873
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAA
EST: TTGGGAAACT-GATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGA AT-CTTCCAATTATGCTTGATGTTGG-ACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAAEST: gi|110719431|gb|EE094555.1|EE094555
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAA
EST: GGGAAACCTGAAATGTATGTTGCTGCTGCGTGGTA-CAAATCCACAGAGA ATACTTCCA-TTAGGCTTEST: gi|110712870|gb|EE088292.1|EE088292
genomic: GGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGC-TGGTATCAA-TCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTT
EST: TTGGGGAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATC-ACAGAGA ATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACCACCAAAGGCTTCTCGAA
genomic: TTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcag ... tctctggcagATACTTCCAATTATGCTTGATGTTGGCACTAACAACCAAAGGCTTCTCGAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCGTATTCTTGGTCTGGGTGACCTTGGAGTTCAGGGAATTGGAATTCCTATTGGGAAACTTGATATGTATGTTGCTGCTGCTGGTATCAATCCACAGAGAgtatgtgcagctcctcattctgtgtgcatgtgcatatgttcatacacctttttaagcacaaacacaggcacatggttcctggatgacaaaggggaagtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gacaaag