1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TATACGCAGTGGAACTTAGTTGTCCAGCACCCCAACTTTGATAATCTGACCCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAAgtaagttttaagccttcagttgtgaggctcttgttttttcctatattctttgcattttatgccatggacaaaaacttggaataatggtggcatggatcaa...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0083g01160.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAA ATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCEST: gi|32269012|gb|CD718171.1|CD718171
genomic: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAAgtaagtttta ... ttcccaacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTC
EST: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAA ATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCATGCEST: gi|30127202|gb|CB912541.1|CB912541
genomic: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAAgtaagtttta ... ttcccaacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCGTGC
EST: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAA ATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCATGCEST: gi|30128277|gb|CB913616.1|CB913616
genomic: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAAgtaagtttta ... ttcccaacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCGTGC
EST: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAA ATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCATGC
genomic: CCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAAgtaagtttta ... ttcccaacagATGATACTGCCATGCTATGGGGGGTTAAGTTCTACAATGATCTGCTCGTGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATACGCAGTGGAACTTAGTTGTCCAGCACCCCAACTTTGATAATCTGACCCAGATTTTCAGCTTTAACTACAAGTCATTGACACCCTATGCAGCTATAAgtaagttttaagccttcagttgtgaggctcttgttttttcctatattctttgcattttatgccatggacaaaaacttggaataatggtggcatggatcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaataa