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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGTCAAGTTATTTAATGCTgtaagtttctcttcaaatgttttaccttgttgtgtccctttgaaagtccgtagtttctaactatgtttataatgaaattgtttgctgttgctgctacattcaagcatattggatctaaacattggttgtttggtttcttaaacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0057g01340.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349822056|gb|FQ408385.1|FQ408385
EST:     AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCT                         GTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCGAGATTTAAG
genomic: AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCTgtaagtttct ... tcttaaacagGTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCAAGATTTAAG
EST: gi|30136096|gb|CB921434.1|CB921434
EST:     AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCT                         GTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCGAGATTTAAG
genomic: AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCTgtaagtttct ... tcttaaacagGTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCAAGATTTAAG
EST: gi|110416919|gb|EC982928.1|EC982928
EST:     AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCT                         GTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCGAGATTTAAG
genomic: AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCTgtaagtttct ... tcttaaacagGTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCAAGATTTAAG
EST: gi|110410989|gb|EC976685.1|EC976685
EST:     AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCT                         GTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCGAGATTTAAG
genomic: AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCTgtaagtttct ... tcttaaacagGTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCAAGATTTAAG
EST: gi|110359762|gb|EC921857.1|EC921857
EST:     AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCT                         GTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCGAGATTTAAG
genomic: AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCTgtaagtttct ... tcttaaacagGTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCAAGATTTAAG
EST: gi|110368210|gb|EC932179.1|EC932179
EST:     AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCT                         GTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCGAGATTTAAG
genomic: AGGAGTGGTCAAGTTATTTAATGCTgtaagtttct ... tcttaaacagGTCAACAAGGCACAGAATGCTCAGAAAGGCTTGAATGCTTCAAGATTTAAG