1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
TGCTCGCAGCACAGAGTATCCAGTTGGGTGTCAATGATATTGTTGTGTCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattccccacttattcatggttaattatattaaaatttttattaattcaaatcatgactgcccacagattgttttttgttttttttagatgcttc...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0057g01200.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|30126694|gb|CB912033.1|CB912033
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|30133903|gb|CB919242.1|CB919242
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110699364|gb|EE076300.1|EE076300
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGA-TTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110403296|gb|EC964774.1|EC964774
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|71859096|gb|DT008151.1|DT008151
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110701385|gb|EE078893.1|EE078893
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|161716985|gb|FC066530.1|FC066530
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|161717757|gb|FC064725.1|FC064725
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|71866622|gb|DT015677.1|DT015677
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|161712803|gb|FC062326.1|FC062326
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110398035|gb|EC964108.1|EC964108
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|32269649|gb|CD718808.1|CD718808
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|30254555|gb|CB971300.1|CB971300
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATATGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|71875811|gb|DT024866.1|DT024866
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110723077|gb|EE099979.1|EE099979
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|30130051|gb|CB915390.1|CB915390
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110686757|gb|EE064757.1|EE064757
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|30129595|gb|CB914934.1|CB914934
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|349833317|gb|FQ416695.1|FQ416695
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|161720962|gb|FC070684.1|FC070684
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110698167|gb|EE075418.1|EE075418
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110685325|gb|EE063616.1|EE063616
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110723249|gb|EE100343.1|EE100343
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|71855093|gb|DT004148.1|DT004148
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110371396|gb|EC935385.1|EC935385
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|71859317|gb|DT008372.1|DT008372
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|34543095|gb|CF511327.1|CF511327
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|77587675|gb|DV223012.1|DV223012
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|30299187|gb|CB975981.1|CB975981
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATCCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110702702|gb|EE078902.1|EE078902
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|110364569|gb|EC927918.1|EC927918
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|77586011|gb|DV222101.1|DV222101
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGAEST: gi|71858509|gb|DT007564.1|DT007564
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
EST: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAG GAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
genomic: GGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattc ... aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGCTCGCAGCACAGAGTATCCAGTTGGGTGTCAATGATATTGTTGTGTCTGGTGGTATGGAAAGCATGTCTAATGTGCCTAAATACCTAGCAGAAGCAAGgttaatattccccacttattcatggttaattatattaaaatttttattaattcaaatcatgactgcccacagattgttttttgttttttttagatgcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tccccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aattcaaa