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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCACTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagattttctgttccggttgatttttttccttatttaatttttgtttatttactcttatttgtttctgtggtgtgttcatcactgcccataaatgtataaaaacaagtgttgttgctttcttgtggacaattaggcttattatctcctgcctcttgtttttcccag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0035g01130.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351055139|gb|FQ440478.1|FQ440478
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|161712238|gb|FC061612.1|FC061612
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|110368464|gb|EC932441.1|EC932441
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|161719271|gb|FC068941.1|FC068941
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|110727170|gb|EE103626.1|EE103626
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|351042107|gb|FQ456317.1|FQ456317
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|110727691|gb|EE104738.1|EE104738
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|351017433|gb|FQ435786.1|FQ435786
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|110381916|gb|EC937999.1|EC937999
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|37183980|gb|CF603334.1|CF603334
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|37183445|gb|CF602799.1|CF602799
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|351028342|gb|FQ427238.1|FQ427238
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|110374475|gb|EC939254.1|EC939254
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|110381825|gb|EC935490.1|EC935490
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|110699423|gb|EE076408.1|EE076408
EST:     CTCGATTGATGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|110392524|gb|EC958004.1|EC958004
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|351025275|gb|FQ434288.1|FQ434288
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|71855580|gb|DT004635.1|DT004635
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|71859460|gb|DT008515.1|DT008515
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGACTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|71858356|gb|DT007411.1|DT007411
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGACTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|294965707|gb|GW839162.1|GW839162
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|34544508|gb|CF512740.1|CF512740
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|351027331|gb|FQ444580.1|FQ444580
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAGCCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|161714380|gb|FC063221.1|FC063221
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|351016802|gb|FQ424229.1|FQ424229
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|352794288|gb|FQ479530.1|FQ479530
EST:     CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATAT                         GGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagatttt ... tttttcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TCACTCGATTGAAGGCTGACAACCCCCTTTATGGCTCTTCTCCAATTGAATATgtaagattttctgttccggttgatttttttccttatttaatttttgtttatttactcttatttgtttctgtggtgtgttcatcactgcccataaatgtataaaaacaagtgttgttgctttcttgtggacaattaggcttattatctcctgcctcttgtttttcccag

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