Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATCAGTGGATCGCCATCTTGTCCAAACCATTGTACCAGGCACAAGATTGACTATCATGGGAATTTACAGTATTTATCAGGCAGCCAATTCTTCCACCTCgtaaggatcatttgacactgagataagcataacacaatttgtgatttaatcttcactaattttgattgttggaattacatgtttatttatgggtcagttggtttgttgattgattggttcttatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0149g00130.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0149g00130.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA13G22420.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TATCAGTGGATCGCCATCTTGTCCAAACCATTGTACCAGGCACAAGATTGACTATCATGGGAATTTACAGTATTTATCAGGCAGCCAATTCTTCCACCTCgtaaggatcatttgacactgagataagcataacacaatttgtgatttaatcttcactaattttgattgttggaattacatgtttatttatgggtcagttggtttgttgattgattggttcttatgcag
| || || ||||| ||||| || || ||  | ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||| || |||||  | || |||   || |||| ||  ||||    |||  |  |||   |   | | ||    ||||  | |||| |   |   ||   || ||||  |||| |   |     |   |||  || |     |                
TCTCTGTTGATCGACATCTGGTTCAGACAGTGGTACCTGGCTCAAGATTGACAATCATGGGAATTTTCAGTATCTACCAGGCTTCTAACTCTAATACATCgtgagattcat----caccaatttaatttttgtatattt---aatttttttttcatt--ctcccatc--tgtaattg-atgtctggcttcaaatatattgtgttatatgcag----------------