Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTGTATGTAACACCAGAATTGATTGCAACACCAGGGTTTATGTCAAGGTTGACAAAGATTCATGCTAGAGGGTTGCTGAATCTGATTGCCATAGATGAGgtttgtaattataaatttatagtagaaaaataaggtaattggatggtttctgcaggaattgttagatcttggtacatgtaaccattttggttgaaattttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g00850.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g00850.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA09G08180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ACTGTATGTAACACCAGAATTGATTGCAACACCAGGGTTTATGTCAAGGTTGACAAAGATTCATGCTAGAGGGTTGCTGAATCTGATTGCCATAGATGAGgtttgtaattataaatttatagtagaaaaataaggtaattggatggtttctgcaggaattgttagatcttggtacatgtaaccattttggttgaaattttcag
 || ||||| || ||||| |||||  ||||||||||||||||| | | | ||||||||||| || | || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||   |   ||    ||   |            ||||     |||||||| ||||||      |  || || ||     || | ||    ||||||||||
GCTATATGTGACTCCAGAGTTGATAACAACACCAGGGTTTATGACTAAGCTGACAAAGATTTATACCAGGGGGTTGCTAAATCTGATTGCGATAGATGAGgtgtgagctggaaagaccatttca------------aattt--ctgtttctgctggaatttaattgttctgtta-ataatttcactctg--caaaattttcag