Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAGAGGGTGATCCTGGTCTAGATGGTGGTACAAATGCACCGCTGTTTACAGACATTCTGAATATGGTTTGCAGTTGTGTTGATAATTCGTCATCTGACAGgtatgttgctttctacatcaacaatctttcctaagatagctagcttgtaatgcctgtaacttttgaaaaatggtgtgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g00170.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os07g37750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
TAGAGGGTGATCCTGGTCTAGATGGTGGTACAAATGCACCGCTGTTTACAGACATTCTGAATATGGTTTGCAGTTGTGTTGATAATTCGTCATCTGACAGgtatgttgctttctacatcaacaatctttcctaagatagctagcttgta-atgc-ctgtaacttttgaaaaatggtgtgcag
|||| || || |||||| |||| ||||||| |||| | || || ||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||  | || |||||||||||     |  | ||     |  || ||   |  |||  |    ||| | |||| ||| |     ||| |  ||   |||||
TAGAAGGCGACCCTGGTTTAGAGGGTGGTAAAAATTCCCCTCTATTTACTGACATCCTGAACATGGTCTGCGGTTGTGTTGATAACACCTCCTCTGACAGgtacacatcactttaag---atgatattatgttggatcacacttttgcacatgcactgaactgggtgacatctgtgttgcag

upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA13G17610.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TAGAGGGTGATCCTGGTCTAGATGGTGGTACAAATGCACCGCTGTTTACAGACATTCTGAATATGGTTTGCAGTTGTGTTGATAATTCGTCATCTGACAGgtatgttg--ctttctacatcaacaatcttt--------cctaagatagctagcttgtaatgcctgta-acttttgaaaaatggtgtgcag
| ||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||  ||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||     |  | | |||    |||  ||        |   | |||  |  | ||| || ||| |  | |||| ||||      |||||
TGGAGGGAGATCCTGGGTTAGAGGGTGGTAAAAATGTCCCATTGTTTACAGACATTCTAAACATGGTTTGCAGTTGTGTTGACAATTCATCACCTGACAGgtatgcaaaccactatgcatatttaatgcttatgcattactagatatatatttcctgttatacctattcatttttaaaaaccaacatgcag

upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA17G04890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
TAGAGGGTGATCCTGGTCTAGATGGTGGTACAAATGCACCGCTGTTTACAGACATTCTGAATATGGTTTGCAGTTGTGTTGATAATTCGTCATCTGACAGgtatgttgctttctaca--tcaacaat-ctttcctaagatagctagcttgtaatgcctgta-acttttgaaaaatggtgtgcag
| ||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||  ||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||       ||||   |    ||| ||| |   | |||  |  | ||| ||  || |  | |||| ||||      |||||
TGGAGGGAGATCCTGGGTTAGAGGGTGGTAAAAATGTTCCATTGTTTACAGACATTCTAAACATGGTTTGCAGTTGTGTTGACAATTCATCACCTGACAGgtatgcaaaccactacgggtatttaatgcttacgagatatatatttcctgttataactattcatttttaaaaaccaacatgcag

upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT3G43300.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TAGAGGGTGATCCTGGTCTAGATGGTGGTACAAATGCACCGCTGTTTACAGACATTCTGAATATGGTTTGCAGTTGTGTTGATAATTCGTCATCTGACAGgtatgttgctttctacatcaacaatctttcctaagatagctagcttgtaatgcctgtaacttttgaaaaatggtgtgcag
| || || ||||| ||  | |||||||| | |||| |  | |  || || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||  |||  |   |||| ||||||    |   | | ||  |   ||| | |  | ||     ||| |  |||||||
TGGAAGGGGATCCGGGGTTGGATGGTGGAAAAAATTCTGCACCTTTCACCGACATTCTGAACATGGTTTGCAGCTGTGTTGATAATTCATCACCAGACAGgtatgtaccttcgtgtttcaa-aatcttcttgagattggtta--taccaattcttaaagct----gaaagttttgtgcag