1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GTATCATTCTTATAGGTGAGATAGGTGGCACTGCAGAGGAGGATGCTGCTGCTCTAATAAAGgtgactagtgttgagatttaaaattaacattgtgaaattgaggtagaaacttaagataatctggcataacacttgcagtctattgcacattggaaagagt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv10s0042g00950.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TAGGTGAGATAGGTGGCACTGCAGAGGAGGATGCTGCCGCTCTAATAAAG GAAAGTGGGACCGAAAAGCCTGTTGTTGCTTTTATTGCTGGACTGACTGCCEST: gi|110362592|gb|EC926136.1|EC926136
genomic: TAGGTGAGATAGGTGGCACTGCAGAGGAGGATGCTGCTGCTCTAATAAAGgtgactagtg ... aatgaaacagGAAAGTGGGACTGAAAAGCCTGTTGTTGCTTTTATTGCTGGACTGACTGCC
EST: TAGGTGAGATAGGTGGCACTGCAGAGGAGGATGCTGCCGCTCTAATAAAG GAAAGTGGGACCGAAAAGCCTGTTGTTGCTTTTATTGCTGGACTGACTGCC
genomic: TAGGTGAGATAGGTGGCACTGCAGAGGAGGATGCTGCTGCTCTAATAAAGgtgactagtg ... aatgaaacagGAAAGTGGGACTGAAAAGCCTGTTGTTGCTTTTATTGCTGGACTGACTGCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTATCATTCTTATAGGTGAGATAGGTGGCACTGCAGAGGAGGATGCTGCTGCTCTAATAAAGgtgactagtgttgagatttaaaattaacattgtgaaattgaggtagaaacttaagataatctggcataacacttgcagtctattgcacattggaaagagt
- - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaattaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaaaga