Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGCAATGTGGACAAGAAGGAGGCACTTGAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaatatgcttcttgcatatataaactatacttttttttttgataggtaaattctgtctcccattgggacttgaacctagaatctcctacaaaccc...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0003g02760.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv10s0003g02760.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA09G02270.3 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGGCAATGTGGACAAGAAGGAGGCACTTGAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaatatgcttcttgcatatataaactatactttttt-ttttgataggtaaattct----gtctcccattgggacttgaacctagaatctcctacaaaccc
 |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||| || ||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |  |||||  ||  |||  | |||  || || | | ||  ||||     ||| |  ||| |  |   || |       ||||||||   
AGGCAATGTGGACAAGAAGGAAGCACTAGAGAACTTGGATCTCATTCTATTGTGCATAGATGAAATTGTTGATGGCGGgtatgctatatgctatt--catatgaaatttatcttctttagttgtgtttgttagcttctcaaaatcttctcttgcgcttcccacttgttccaacctacaaa---

upper sequence: Vv10s0003g02760.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA15G13190.3 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGGCAATGTGGACAAGAAGGAGGCACTTGAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaatatgcttcttgcatatataaactatacttttttttttgataggtaaattctgtctcccattgggacttgaacctagaatctcctacaaaccc--
 |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |  |||||  ||  |||    ||   ||   |   |   | ||       ||     | || || |      |||| |||  |   
AGGCAATGTAGACAAGAAGGAAGCACTAGAGAACTTGGATCTCATTCTATTGTGCATTGATGAAATTGTTGATGGCGGgtatgctatatgctatt--catatgaaatttatctccttcagttgtgtgtttgtttgcttctctaaatcttctcatgcacttccctcttcctccaatacaaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71874497|gb|DT023552.1|DT023552
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|351019718|gb|FQ439535.1|FQ439535
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|110373435|gb|EC937671.1|EC937671
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|30137194|gb|CB922532.1|CB922532
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|110379625|gb|EC944835.1|EC944835
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|110699583|gb|EE076708.1|EE076708
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|110722790|gb|EE099364.1|EE099364
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|110715992|gb|EE090583.1|EE090583
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|351018368|gb|FQ439180.1|FQ439180
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|351040188|gb|FQ425274.1|FQ425274
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATTCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|110701897|gb|EE079989.1|EE079989
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|110417687|gb|EC983761.1|EC983761
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|32250089|gb|CD715908.1|CD715908
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|77581566|gb|DV219730.1|DV219730
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|110686798|gb|EE064846.1|EE064846
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|349832724|gb|FQ422082.1|FQ422082
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|30256223|gb|CB972066.1|CB972066
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|32250057|gb|CD715876.1|CD715876
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
EST: gi|351043288|gb|FQ444009.1|FQ444009
EST:     GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGG                         AATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA
genomic: GAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaata ... tcatttacagAATTGTTCTTGAAACTGATGCAAATGTTATTGCGGGAAAGGTTGCAAGTCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGCAATGTGGACAAGAAGGAGGCACTTGAGAACTTGGATTTAATTCTTTTATGCCTTGATGAAATTATTGATGGCGGgtatgcaatatgcttcttgcatatataaactatacttttttttttgataggtaaattctgtctcccattgggacttgaacctagaatctcctacaaaccc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aggtaaa