Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtgtcactgttttgaatgcgtcatattttcacctgtatgctgattacaatgcatgtttggaaacaattttatttatc...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0040g02470.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os05g02310.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtgtcactgttttgaatgcgtcatattttcacctgtatgctgattacaatgcatgtttgga-aacaattttatttatc-
|||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| || || || || || || ||||| |||| ||| ||  |||||||  ||||||| |||||||||||  |  ||   |||     ||   |   |  | | ||| |    | || |     |   ||   |   | | | |      | | ||| | |  ||  
TGTGCTCTATTCATCAGTTGTGTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTGTGTGAAGACAGTGATCCGTTGGATGTGCTGGTTATAATGCAGgtatgtctt-tgtattttagttggtactagaatcct-attgcttgtactcttaagaaaaacagtgcacaagtttcttttcccttcagccattatgtaaattc

upper sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G137930_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtgtcactg---ttttgaatgcgtcatattttcacctgtatgctgattacaatgcatgtttggaaacaatttt-atttatc
||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || || || || || || ||||| |||| ||| ||  |||||||  ||||||| ||||||||||||||    || ||| | || | ||| ||   ||   ||   |  | ||    |    | ||   ||      ||||   | ||   |||||| |  | | 
TGTGCTGTATTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGATTCATTCCTCGCACGCTTTGTGAAGACAGTGATCCTTTGGATGTACTGGTTATAATGCAGgtatgctt----cttttttatatatatcattgggattcacaaaatggtacatcagtagtgatctgagtatccttgggcataagttgagctaattttcaaatctt

upper sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA10G05130.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtg------tcactgttttgaatgcgtcatattttcacctgtatgctgattac--aatgcatgtttgga-aacaattttatttatc
| | || ||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||   | |||  ||||     |||       |  ||  || |  ||| |  | |  |     || | ||||  |   | ||  |  || |  ||||| ||        
TATCCTTTACTCATCGGTTGTGTATCCTCACAACTATGGGTTTATCCCACGTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtac-ttgaatcttgttcatattgtcaacttcttgctagttagtgtgccttgtgtgatattaagttttctgaaaatggattgtgtaattagtcaacaactt--------

upper sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA03G33000.4 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtgtcactgtttt-gaatgcgtcatattttcacctgtatgctgattacaatgcatgtttggaaacaattttatttatc---
||| || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||   ||   | ||| || || |   | | |    | |||  |   | |   || || ||||  |||   | |  ||| || |    ||||| ||| ||   
TGTTCTTTACTCATCAGTTGTGTATCCTCACAATTATGGGTTTATCCCACGTACTATTTGTGAGGACAGTGATCCCCTGGATGTCTTGATTATTATGCAGgtatttatatatccgtt-gatatatcaaattttccccggatgtctt-caataagacatgcatgc--attcttacgattgtctgcatctcattttttttgtctac

upper sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA13G19500.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtgtcactgttttgaatgcgtcatattttcacctgtatgctgattacaatgcatgtttgga-aacaatttt-atttatc-
| | || ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||  ||| |||||||||||||||||||| |||||||||   | |||  ||||  | ||     |||  ||   |       |  ||  |  | | ||   ||   | ||  |  |  |  ||||| ||   || | | 
TATACTTTACTCATCAGTTGTTTATCCTCACAACTATGGGTTTATTCCACGTACTATTTGTGAGGACGGTGATCCCATGGATGTCTTGGTTATTATGCAGgtac-ttgaatattgttc-atattgccaacttcttgctagttagtgtgattcaagttttctgaaaatgg-attgtgtaataagtcaacaacttccgttcaact

upper sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA19G35710.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtgtcactgttttgaatgcgtcat--attttcacctgtatgctgattacaatgcatgtttggaaacaattttatttatc
 ||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||   ||   | |||  | ||     | | ||     |   |||       ||   | |||  | |  |    |  |  ||  ||||      | ||   
CGTGCTTTACTCATCAGTTGTTTATCCTCACAACTATGGGTTTATCCCTCGTACTATTTGTGAGGACAGTGATCCCCTGGATGTCTTGATTATTATGCAGgtatttatatatccgttc-atattatcaaattttccttgtaaatcagtgggcatcgtgtatatatttaaaaatgagattactttcaaactgacaaactttc-

upper sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: PP1S46_53V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtgtcactgttttgaatgcgtcatattttcacctgtatgctgattacaatgcatgtt-tggaaacaattttatttatc
| |  ||||||| |||||||| || || ||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||  | || ||||| |||||  | || || |||||||||   || | |   |||    |   | |||   ||  |    |  ||||||       |    || |   ||   | |     |   || |  |  ||  
TATCTTGTACTCATCAGTTGTCTATCCACACAATTATGGGTTCATTCCACGTACTCTTTGTGAGGATGAGGATCCCATTGATGTTCTCGTCATTATGCAGgtactattcaagacttttttttttccttactaaatttcaacatttgtattttgtgaatgagatagactgagatttttatagcaaaggtaaatgcacgtaa-

upper sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: EFJ27219 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 4
TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtgtcactgttttgaatgcgtcatattttcacctgtatgctgattacaatgcatgtttggaaacaattttatttatc
 ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || || || |||||||| || || ||||| || ||  |||| ||||||||  | |||||||||   ||  |  |||  |||    || |||    ||   |  |||                                                      
GGTGCTGTACTCGTCGGTCGTGTACCCCCACAACTATGGTTTCATTCCTCGTACTCTGTGCGAAGACAACGATCCATTGGACGTCTTGGTCCTGATGCAGgtagtgttctttttgtaagacg-aagttactacggtgggggtttcag-----------------------------------------------------

upper sequence: Vv08s0040g02470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: EFJ33440 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 4
TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtgtcactgttttgaatgcgtcatattttcacctgtatgctgattacaatgcatgtttggaaacaattttatttatc
 ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| || || ||||| || ||  |||| ||||||||  | |||||||||   ||  |  |||  |||    || |||    ||   |  |||                                                      
GGTGCTGTACTCGTCGGTCGTGTACCCCCACAACTATGGCTTCATTCCTCGTACTCTGTGCGAAGACAACGATCCATTGGACGTCTTGGTCCTGATGCAGgtagtgttctttttgtaagacg-aagttactacggtgggggtttcag-----------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71889504|gb|DT038559.1|DT038559
EST:     -TACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|352795193|gb|FQ477303.1|FQ477303
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|71878052|gb|DT027107.1|DT027107
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110364488|gb|EC924298.1|EC924298
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGGTGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|30128230|gb|CB913569.1|CB913569
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|18458986|gb|BM437264.1|BM437264
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110375226|gb|EC940190.1|EC940190
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|32248919|gb|CD714738.1|CD714738
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|30124847|gb|CB910186.1|CB910186
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|71885238|gb|DT034293.1|DT034293
EST:     -TACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110428791|gb|EC995272.1|EC995272
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|32272447|gb|CD721606.1|CD721606
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|32248310|gb|CD714129.1|CD714129
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110429862|gb|EC996373.1|EC996373
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|71882429|gb|DT031484.1|DT031484
EST:     -TACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|33406231|gb|CF211858.1|CF211858
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110383531|gb|EC947909.1|EC947909
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|71883308|gb|DT032363.1|DT032363
EST:     -TACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110360555|gb|EC923759.1|EC923759
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110708943|gb|EE083969.1|EE083969
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110706103|gb|EE083706.1|EE083706
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110717369|gb|EE093164.1|EE093164
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|71881781|gb|DT030836.1|DT030836
EST:     -TACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110701996|gb|EE080208.1|EE080208
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|32271061|gb|CD720220.1|CD720220
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110717373|gb|EE093175.1|EE093175
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|27584534|gb|CB007229.1|CB007229
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110731173|gb|EE109089.1|EE109089
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAA                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|32272325|gb|CD721484.1|CD721484
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|71888705|gb|DT037760.1|DT037760
EST:     -TACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110686108|gb|EE063413.1|EE063413
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110725753|gb|EE102618.1|EE102618
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110688777|gb|EE067713.1|EE067713
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110717105|gb|EE092669.1|EE092669
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|30129868|gb|CB915207.1|CB915207
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|27583109|gb|CB005804.1|CB005804
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110369553|gb|EC933716.1|EC933716
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|351025513|gb|FQ435206.1|FQ435206
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110717897|gb|EE094154.1|EE094154
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|32249271|gb|CD715090.1|CD715090
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110730667|gb|EE108007.1|EE108007
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110703181|gb|EE079800.1|EE079800
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|30136583|gb|CB921921.1|CB921921
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|22007273|gb|BQ792307.1|BQ792307
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATG-TTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|32249038|gb|CD714857.1|CD714857
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110423615|gb|EC989962.1|EC989962
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110383209|gb|EC947567.1|EC947567
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110727272|gb|EE103839.1|EE103839
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|46918179|gb|CN547508.1|CN547508
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|71877690|gb|DT026745.1|DT026745
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|33406869|gb|CF212496.1|CF212496
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110700548|gb|EE078712.1|EE078712
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110690416|gb|EE067494.1|EE067494
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|71878583|gb|DT027638.1|DT027638
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|71888253|gb|DT037308.1|DT037308
EST:     -TACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|32271206|gb|CD720365.1|CD720365
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110723089|gb|EE099999.1|EE099999
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110397892|gb|EC963867.1|EC963867
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|351012488|gb|FQ427089.1|FQ427089
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110374151|gb|EC938723.1|EC938723
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|110384899|gb|EC949367.1|EC949367
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
EST: gi|32267585|gb|CD716548.1|CD716548
EST:     GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAG                         GAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG
genomic: GTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaa ... acatttacagGAACCAGTTCTTCCAGGATGCTTTCTCCGGGCTAAAGCTATTGGTCTCATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTGCTGTACTCTTCAGTTGTGTACCCCCACAACTATGGCTTTATCCCACGTACTCTCTGTGAGGACAATGACCCCATGGATGTCTTGGTTATCATGCAGgtatgcttaatgctgtttgacatgtgtcactgttttgaatgcgtcatattttcacctgtatgctgattacaatgcatgtttggaaacaattttatttatc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaacaa