1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaactatttgcagtcttacagaaactgcacacacattagtgtttttccataaatttgatcccttcccttttcaatcaagatacaatgattggaata...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0040g01630.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351019552|gb|FQ439369.1|FQ439369
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351045913|gb|FQ441296.1|FQ441296
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351054135|gb|FQ450217.1|FQ450217
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351037841|gb|FQ464282.1|FQ464282
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351015919|gb|FQ431874.1|FQ431874
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351048601|gb|FQ448875.1|FQ448875
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351037852|gb|FQ464293.1|FQ464293
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351023294|gb|FQ432677.1|FQ432677
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|349828488|gb|FQ417230.1|FQ417230
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|122688630|gb|EC920009.1|EC920009
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTTGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGAEST: gi|351049390|gb|FQ449991.1|FQ449991
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351042935|gb|FQ451229.1|FQ451229
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|349826497|gb|FQ418588.1|FQ418588
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351037891|gb|FQ465129.1|FQ465129
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351055498|gb|FQ442294.1|FQ442294
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATCAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351026072|gb|FQ428084.1|FQ428084
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351047717|gb|FQ455114.1|FQ455114
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|122689997|gb|EC938839.1|EC938839
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGAEST: gi|351035274|gb|FQ459541.1|FQ459541
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGAEST: gi|351052410|gb|FQ452443.1|FQ452443
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
EST: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTG CCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCC-AAGA
genomic: GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaacta ... gaatctgcagCCAAGGTATGTGGTGAACCAAGTGACAGCTGGTGACTATGATTGCCCAAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGTTTGTTTCATGTCCAATGAATTGgtaagaactatttgcagtcttacagaaactgcacacacattagtgtttttccataaatttgatcccttcccttttcaatcaagatacaatgattggaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccttccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatacaa