Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTGTATGGTGAAGCAATTCCTGTGAAGGAACTTGCCGAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaatatctcatgacactgctcgtcatttatttgattattttttccccttttaaatggagtctatgtgctttttcttttttcttttttatgagaataattactgatgatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0040g00410.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os05g41180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TGTGTATGGTGAAGCAATTCCTGTGAAGGAACTTGCCGAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaatatctcatgacactgctcgtcatttatttgattattttttccccttttaaatggagtctatgtgctttttcttttttcttttttatgagaataattactgatgatgcag
 |||||||| ||| | || ||||| |||||| | || || || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||         |       ||| |  || |||   ||   ||   |  ||    | ||  ||| | | |||   | | || | |                                   
GGTGTATGGAGAACCCATGCCTGTAAAGGAATTGGCTGATCGTGTAGCTAGCTATGTACATTTATGTACCCTCTACTGGTGGCTCAGgtaagacggtca-------acatttttcttca---atacaatccctggttaagatgtttgatgcaatttatactcctcttgtgtcag--------------------------------

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA05G14330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGTGTATGGTGAAGCAATTCCTGTGAAGGAACTTGCCGAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaatatctcatgacactgctcgtcatttatttgattattttttccccttttaaatggagtctatgtgctttttcttttttcttttttatga-gaataattactgatgatgcag
 || ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||||||||||||      |||| | |   || | |  || | |   |||  | || |   |  ||| || |          ||  || || | |||| | || |  |   ||   || || || |||||
CGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgtt------atatgtga-accaattcctgttaatgtcttg--tcttgtagtcattttaaagt----------tgtattgtcatatttcatattaacaacagatctataatggtgctgcag

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA19G17920.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
TGTGTATGGTGAAGCAATTCCTGTGAAGGAACTTGCCGAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaatatctcatgacactgctcgtcatttatttgattattttttccccttttaaatggagtctatgtgctttttcttttttcttttttatga-gaataattactgatgatgcag
||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||||||||||||   ||  |    ||   | |||||  |   || | |  |  |  |||           |  |||     ||  || || | |||| | || |  |   ||   || || || |||||
TGTATATGGCGAACCAATTCCTGTTAAGGAACTTGCTGACCGTGTGGCTAGTTATGTGCACCTCTGTACGCTATATTGGTGGCTCAGgtt--atatgtgaaccaattc-ctgctaatgtcttgtcttgtagtcattt-----------taaagt-----tgtattgtcatatttcgtattaacaacagatctataatggtgctgcag

upper sequence: Vv08s0040g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT2G27020.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TGTGTATGGTGAAGCAATTCCTGTGAAGGAACTTGCCGAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaatatctc-atgacactgctcgtcatttatttgattattttttccccttttaaatggagtctatgtgctttttcttttttcttttttatgagaataattactgatgatgcag
||| ||||| || ||  | ||||||||||||||| | || || || || |||||||| ||| | |||||||| || ||||||||||||||     |||   || | | |  || | ||||  ||          |||  ||   || |||| | | || |    |  | ||| || | |                            
TGTTTATGGCGATGCTGTACCTGTGAAGGAACTTTCTGAGCGTGTTGCAAGTTATGTACATCTGTGTACCCTGTATTGGTGGCTCAGgtttgtccaattcatctacgtctttggtagtcacctacgca------tttctcctacttgaatgaattataagaaaatggtttttattttgtag--------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34545358|gb|CF513590.1|CF513590
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|87584053|gb|DY473356.1|DY473356
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110712939|gb|EE088423.1|EE088423
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|351026032|gb|FQ428044.1|FQ428044
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|26267610|gb|CA818673.1|CA818673
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTCTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|351016637|gb|FQ424064.1|FQ424064
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110689940|gb|EE066605.1|EE066605
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|161710249|gb|FC058959.1|FC058959
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110405352|gb|EC970893.1|EC970893
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110719773|gb|EE095192.1|EE095192
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|37185131|gb|CF604484.1|CF604484
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110720841|gb|EE097126.1|EE097126
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|34545280|gb|CF513512.1|CF513512
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|161715533|gb|FC069462.1|FC069462
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|349829839|gb|FQ422152.1|FQ422152
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|351012831|gb|FQ430394.1|FQ430394
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110428341|gb|EC994810.1|EC994810
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110702145|gb|EE080525.1|EE080525
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|71880094|gb|DT029149.1|DT029149
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|351017561|gb|FQ435914.1|FQ435914
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|34543966|gb|CF512198.1|CF512198
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|34362721|gb|CF404306.1|CF404306
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|71880613|gb|DT029668.1|DT029668
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110720821|gb|EE097078.1|EE097078
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110718292|gb|EE094957.1|EE094957
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|351033938|gb|FQ462993.1|FQ462993
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGGTGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110727594|gb|EE104529.1|EE104529
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|294963862|gb|GW836737.1|GW836737
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110707900|gb|EE084829.1|EE084829
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|351023141|gb|FQ432524.1|FQ432524
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|349823527|gb|FQ414937.1|FQ414937
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|71879184|gb|DT028239.1|DT028239
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|161719434|gb|FC067375.1|FC067375
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|351029065|gb|FQ435265.1|FQ435265
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|161712773|gb|FC061997.1|FC061997
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|22010249|gb|BQ795283.1|BQ795283
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110428899|gb|EC995383.1|EC995383
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|37184434|gb|CF603788.1|CF603788
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110713723|gb|EE089893.1|EE089893
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGGCCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|110686023|gb|EE063265.1|EE063265
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|30253109|gb|CB970660.1|CB970660
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
EST: gi|351021754|gb|FQ437139.1|FQ437139
EST:     GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAG                         ACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA
genomic: GAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaa ... gatgatgcagACCTTTTGGATGTGGAGTAATTCTTGGAGGTTATGACAGAGATGGACCACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTGTATGGTGAAGCAATTCCTGTGAAGGAACTTGCCGAACGAGTGGCTAGTTATGTGCATTTATGTACCCTATACTGGTGGCTCAGgttcagtaaatatctcatgacactgctcgtcatttatttgattattttttccccttttaaatggagtctatgtgctttttcttttttcttttttatgagaataattactgatgatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG