1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TGTTCATGTAGGAGATGACCGGAGGAATGATATATGGGGTGCCAGAGATGCAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatgatccacacttcttttcttgctaaggaactcagtcacatgcatgttcttgttgacctcttcaaacaacttaaagcttgaagtgactgtgttc...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g05350.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|110395612|gb|EC961279.1|EC961279
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|110429697|gb|EC996199.1|EC996199
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|22014482|gb|BQ799516.1|BQ799516
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|33403871|gb|CF209498.1|CF209498
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|22011451|gb|BQ796485.1|BQ796485
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|71871882|gb|DT020937.1|DT020937
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGACAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|110366475|gb|EC930383.1|EC930383
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|33409774|gb|CF215401.1|CF215401
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCCGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|26264895|gb|CA815958.1|CA815958
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|33409859|gb|CF215486.1|CF215486
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCCGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|34320237|gb|CF372991.1|CF372991
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGACAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|22014205|gb|BQ799239.1|BQ799239
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAGEST: gi|32265433|gb|CD716286.1|CD716286
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
EST: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAG GTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
genomic: CAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatga ... attgatgcagGTTGCTCAAAGGATAGGGGTCCAGGTCTGATTGAAGAAGACCCTCTTGAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTTCATGTAGGAGATGACCGGAGGAATGATATATGGGGTGCCAGAGATGCAGGATGTGATGCTTGGCTCTGGGGAAGTGATGTCTACTCCTTCAAGGAGgtacttatgatccacacttcttttcttgctaaggaactcagtcacatgcatgttcttgttgacctcttcaaacaacttaaagcttgaagtgactgtgttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaggaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaacaa