Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATACTTTAAGGGGCCAGAACTTCTTGTTGATTTGCAAGATTATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagatttactactactgttgatcttgaatcatttgaagggctgattgtgccatttacattttttgtatttattttaattatcattttgttttactcagtatacttctattatttatgtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0129g00410.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0129g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g10940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
ATACTTTAAGGGGCCAGAACTTCTTGTTGATTTGCAAGATTATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagatt-tactactactgttgatcttgaatcatttgaagggctgattgtgccatttacattttttgtatttattttaattatcattttgttttactcagtatacttctattatttatgtag
|||||| || ||||| ||| | || ||||| || ||| |||||| || ||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||||||| | || || ||| || || | | || || | | || | || | | | | | | ||| | ||| | || || || ||| ||
ATACTTCAAAGGGCCTGAATTGCTGGTTGACTTCCAAAGTTATGACTACTCTTTAGACATGTGGAGCCTTGGCTGTATGTTTGCTGGAATGgtgtgtttgccctcctatgattataaaataacctatcaaaattgccatggccttacttctgtaaattacttgcgtatagaaagatagcaactgttatgctttat-ttactgtttttgatgcag

upper sequence: Vv07s0129g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA01G39950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATACTTTAAGGGGCCAGAACTTCTTGTTGATTTGCAAGATTATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagatttactactactgttgatcttgaatcatttgaagggctgattgtgccatttacattttttgtatttattt---------taattatcattttg---ttttactcagtatactt-ctattatttatgtag
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || | | ||||| | | || || | | || | | || |||||| | || | |||| | |||| | | || || | ||| || | | | ||| |||||
ATACTTTAAGGGGCCTGAACTTCTAGTTGATTTGCAAGACTATGACTACTCATTAGATATGTGGAGCCTTGGCTGCATGTTTGCTGGAATGgtgtgaatcataactacaa---gtttctgattatat-atggcatactcttgacatttatgcagatggtctaaatttgagcatacatgattaaaaatgtgagattctggtcataattttcattgtactttttgtag

upper sequence: Vv07s0129g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA11G05340.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATACTTTAAGGGGCCAGAACTTCTTGTTGATTTGCAAGATTATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagatttactactac----tgttgatcttgaat----catttgaagggctgattgtgccatttacattttttgtatttattttaattatcattttgttttactcagtatacttctattat----ttatgtag
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || || || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || ||| |||| | || | | || | | | || | | | ||| | | || | | | | || | ||| || | || | || |||||
ATACTTTAAGGGGCCTGAACTTCTAGTTGATTTGCAAGACTATGACTACTCATTAGACATGTGGAGCCTTGGCTGCATGTTTGCTGGAATGgtgtgaattataactataagttactggttatatatggcatactcttgacatttatgcagatggtctaaatttgagcgtacatgattaaaaatgtaaaattctggtcataatttgttcgttgtactcttttgtag

upper sequence: Vv07s0129g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA05G22250.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATACTTTAAGGGGCCAGAACTTCTTGTTGATTTGCAAGATTATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagatttactactactgttgat------cttgaatcatttgaagggctgattgtgccattt-acatt---ttttgtatttattttaattatc----attttgttttactcagtatacttctatta-tttatgtag
|||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||| || || || || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||| | | || | || ||| ||| | | |||| | || | | | || | | || | | || ||| | || || | | | ||| || ||||||
ATACTTTAAGGGCCCTGAACTTCTAGTTGATTTACAAGACTATGACTACTCATTAGACATGTGGAGTCTTGGCTGCATGTTTGCTGGAATGgtgagaattatagctataggctacaacttactggttatatgtgacatgctcttggcattatttgatatgaagtctaattttgaatctacatgtacaaaatcgtgtaattctgggtttgatcatcttacttcatgtag

upper sequence: Vv07s0129g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA17G17790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATACTTTAAGGGGCCAGAACTTCTTGTTGATTTGCAAGATTATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagatttactactactgttgat------cttgaatcatttgaagggctgattgtgccatttacatt----ttttgtatttatttta-at-tatcattttgttttactcag---tatacttctattattta-tgtag
|||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||| || || || || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||| | | || | || ||| | | | | ||||| | | | | || | | || || || | | || | | || | ||| | | ||| ||| || ||
ATACTTTAAGGGCCCTGAACTTCTAGTTGATTTACAAGACTATGACTACTCATTAGACATGTGGAGTCTTGGCTGCATGTTTGCTGGAATGgtgagaattatagctataggctacaacttactggttatatgtgacatacccttggcgttatttaatatgaagtctaattttgaatctacatgtacaaaatcgtgtaattctgggttatgatcattttacttaatgcag

upper sequence: Vv07s0129g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: PP1S230_93V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
ATACTTTAAGGGGCCAGAACTTCTTGTTGATTTGCAAGATTATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagatttactactactgttgatcttgaatcatttgaagggctgattgtgccatttacattttttgtatttattttaattatcattttgttttactcagtatacttctatt-attta--tgtag
||||||||||| ||||| | ||||| ||| | ||||| || |||||||||||||| |||||||| | || ||||||||||| |||||||| || | || | | || |||||| |||| | | | | | || | | || | || ||| || | || | ||| |||| |||||
GTACTTTAAGGGCCCAGAGTTACTTGTCGATCTTCAAGACTACGATTATTCTTTGGACATGTGGAGTTTAGGATGCATGTTTGCTGGAATGgtaaggaatg----tattctatattttgaat--tttgcatg------tacattcctgaagcccattatcccataatgaaccagcaggttgcaa-acctgacaggctaccatttgtttaattgtag

upper sequence: Vv07s0129g00410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: PP1S165_107V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
ATACTTTAAGGGGCCAGAACTTCTTGTTGATTTGCAAGATTATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagatttactactactgttgatcttgaatcatttgaagggctgattgtgccatttacattttttgtatttattttaattatcattttgttttactcagtatacttctattatttatgtag
||||||||||| ||||| | ||||| ||| | ||||| ||||||||| | ||||||||||||||| | || ||||||||||| || |||||||| || | ||||||| | || | || | | || | | |||||| | || | || | || | | | | || |
GTACTTTAAGGGCCCAGAGTTACTTGTCGATCTCCAAGACTATGATTATGCCTTGGATATGTGGAGCTTGGGATGCATGTTTGCTGGCATGgtgaggaagacggtttctgttgacgatttttcgtatgcattgttg-ccattctgtttacaatcaaccagcttcctatagacctgatagtcgatcattgggtgttag----------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352781782|gb|FQ469080.1|FQ469080
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCCTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCA-GGAACCAT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCAT
EST: gi|30305031|gb|CB981825.1|CB981825
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|110729560|gb|EE105636.1|EE105636
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|352778214|gb|FQ465524.1|FQ465524
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|352773413|gb|FQ472195.1|FQ472195
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|110729975|gb|EE106523.1|EE106523
EST:     TGATTATTCTTTGGAAAGGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGGCGG-AATG                         ATCTTTCGCAAGGAAC-ATTCTTT
genomic: TGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTG-CGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTT
EST: gi|352764511|gb|FQ472868.1|FQ472868
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCAT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCAT
EST: gi|110701754|gb|EE079686.1|EE079686
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCA
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCA
EST: gi|352773833|gb|FQ472965.1|FQ472965
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|352768610|gb|FQ467822.1|FQ467822
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|110364239|gb|EC923655.1|EC923655
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|110365854|gb|EC929354.1|EC929354
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|351030908|gb|FQ438944.1|FQ438944
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|110417189|gb|EC983224.1|EC983224
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|30304903|gb|CB981697.1|CB981697
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|110423934|gb|EC990287.1|EC990287
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|110731135|gb|EE109011.1|EE109011
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|33406820|gb|CF212447.1|CF212447
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAANGGA-CCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAA-GGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCT
EST: gi|110374218|gb|EC938850.1|EC938850
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|110692539|gb|EE071897.1|EE071897
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|352772933|gb|FQ470548.1|FQ470548
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|110361331|gb|EC924797.1|EC924797
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|110722026|gb|EE097906.1|EE097906
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTTCGCA-GGAACCATTCTTTTATGGTCATGAACA-TCATGATCAGC
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTT-CGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGA-CAATCATGATCAGC
EST: gi|352768977|gb|FQ468168.1|FQ468168
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|294966968|gb|GW839843.1|GW839843
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAAACCATTCTTTTATGGTCATGA
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAA-CCATTCTTTTATGGTCATGA
EST: gi|110384058|gb|EC948472.1|EC948472
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
EST: gi|254915687|gb|GR905118.1|GR905118
EST:     ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATG                         ATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT
genomic: ATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagattta ... atttatgtagATCTTTCGCAAGGAACCATTCTTTTATGGTCATGACAATCATGATCAGCTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATACTTTAAGGGGCCAGAACTTCTTGTTGATTTGCAAGATTATGATTATTCTTTGGATATGTGGAGCCTTGGTTGCATGTTTGCGGGAATGgtgagatttactactactgttgatcttgaatcatttgaagggctgattgtgccatttacattttttgtatttattttaattatcattttgttttactcagtatacttctattatttatgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG