Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCAAAACTTCAATGACAACATATCCATCATCAGCAGAAATTGTGTCAGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaaggcaaccctggtatcacacaacttcatatctaggaaaaccaatcatatctagcatgttgcaagctatatttgaatagttcatatagctctga...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0031g02630.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0031g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os11g08300.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
---GCCAAAACTTCAATGACAACATATCCATCATCAGCAGAAATTGTGTCAGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaaggcaa--ccctggtatcacacaacttcatatctaggaaaaccaatcatatctagcatgttgcaagctatatttgaatagttcatatagctctga
   |      |  |  | || ||||  |||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||| ||||||| || ||||| |||| || |       |  |  | |  || |     |  |  |  || |||  |  |   |||  |  ||| |  |   |  | ||   |   | |  | || 
CAGGTACCTGCCGCCCTCACTACATTCCCATCAACTGCACAAATTGTGTCAGAGCCTCTTGGTGTCGTCCTAGTCATCTCAGCATGGAACTACCCTTTCTgtaagttaaatggtgcattcatgtttcatactcgtaattgcataaacaccgttattccatagagtaatgcta-ttgagtagggattaattgca-atttttgg

upper sequence: Vv07s0031g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os11g08300.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GCCAAAACTTCAATGACAACATATCCATCATCAGCAGAAATTGTGTCAGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaaggcaaccc--tggtatcacacaacttcatatctaggaaaaccaatcatatctagcatgttgcaagctatatttgaatagttcatatagctctga
|      |  |  | || ||||  |||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||| ||||||| || ||||| |||| || |       |  |  | |  || |     |  |  |  || |||  |  |   |||  |  ||| |  |   |  | ||   |   | |  | || 
GTACCTGCCGCCCTCACTACATTCCCATCAACTGCACAAATTGTGTCAGAGCCTCTTGGTGTCGTCCTAGTCATCTCAGCATGGAACTACCCTTTCTgtaagttaaatggtgcattcatgtttcatactcgtaattgcataaacaccgttattccatagagtaatgcta-ttgagtagggattaattgca-atttttgg

upper sequence: Vv07s0031g02630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA08G00490.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
GCCAAAACTTCAATGACAACATATCCATCATCAGCAGAAATTGTGTCAGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgta-aggcaaccctggtatcacacaactt-catatctagg--aaaaccaatcatatctagcatgttgcaagctatatttgaatagttcatatagctctga
|  || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| | |     |   | |||| | | ||  |||||||      |     | |||  |   |         ||  || | |     |   ||  ||    
GTGAATACTTCAATCACAACATATCCATCATCAGCAGAGATTGTGCCAGAACCACTGGGGGTTGTGTTGGTCATCTCAACATGGAACTTTCCTTTCTgtatgtagaagatgttcccttttcactctatttatatatctaaaccgtatttggttataattgagaacagcttttcttcatctcagccaatttcatcact----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71862280|gb|DT011335.1|DT011335
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGA
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGA
EST: gi|110714476|gb|EE091429.1|EE091429
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|33405622|gb|CF211249.1|CF211249
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|110730407|gb|EE107451.1|EE107451
EST:     GAACCTCTTGGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAT
genomic: GAACCTCTTGG-TGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|110699350|gb|EE076272.1|EE076272
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|110723807|gb|EE099085.1|EE099085
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAA
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|71863198|gb|DT012253.1|DT012253
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|352772514|gb|FQ471989.1|FQ471989
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|33403915|gb|CF209542.1|CF209542
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|110730203|gb|EE107015.1|EE107015
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|352781764|gb|FQ469062.1|FQ469062
EST:     AGAACCTCCTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|161719545|gb|FC067965.1|FC067965
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|110698810|gb|EE076732.1|EE076732
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|110730645|gb|EE107961.1|EE107961
EST:     GAACCTCTTGGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: GAACCTCTTGG-TGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|110702315|gb|EE080887.1|EE080887
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
EST: gi|352764546|gb|FQ472903.1|FQ472903
EST:     AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGT                         TGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG
genomic: AGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaagg ... tactttccagTGCTATCTATTGACCCAGTGATTGGAGCTATAGCAGCTGGCAATGCTGTAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCCAAAACTTCAATGACAACATATCCATCATCAGCAGAAATTGTGTCAGAACCTCTTGGTGTCGTGTTGGTCATCTCAACATGGAATTATCCTTTGTgtatgtaaggcaaccctggtatcacacaacttcatatctaggaaaaccaatcatatctagcatgttgcaagctatatttgaatagttcatatagctctga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaggcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aggaaaa