Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGATCTTAAAAAGCATGTGACAACAGCAGAGTTGCGAGAGATGCTTGAAGCTAATGGTCAAGATTCAACAGGATCAGAACTTGATTTGCGAGACCGCTGgtaaattctgtgatgcatgaaccttagcatgtgacatgcagaagtgctatttttattgtcatggatattttgttcttaatgatttgttgttttagagcaa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g03040.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0005g03040.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA19G34580.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATGATCTTAAAAAGCATGTGACAACAGCAGAGTTGCGAGAGATGCTTGAAGCTAATGGTCAAGATTCAACAGGATCAGAACTTGATTTGCGAGACCGCTGgtaaattctgtgatgcatgaaccttagcatgtgacatgcagaagtgctatttttattgtcatggatattttgtt---cttaatgatttgttgttttagagcaa-
| ||||| |||||||| || |||||| |||||||||| || ||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||   |            ||| | ||     |  ||||  | |    | ||    ||   |   |||||   ||||||| |||  || || |       
ACGATCTCAAAAAGCACGTTACAACAACAGAGTTGCGTGAAATGTTGGAAGCCAGTGGTCAAGATTCAACAGGATCAGAACTTGATTTACGTGACCGCTGgtaa-tttaatctcatggagtttttatcctgatgttta-agaaacgtttgcatcatcccaatatctgcattgttaaacttaatgtttt--tgattcaatatgtt

upper sequence: Vv07s0005g03040.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA03G31820.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
ATGATCTTAAAAAGCATGTGACAACAGCAGAGTTGCGAGAGATGCTTGAAGCTAATGGTCAAGATTCAACAGGATCAGAACTTGATTTGCGAGACCGCTGgtaaattctgtgatgcatgaaccttagcatgtgacatgcagaagtgctatttttattgtcatggatattttgtt---cttaatgatttgttgttttagagcaa-
| ||||| |||||||| || |||||| |||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||| ||   |     |      ||| | ||     |  | ||||| |    | ||    ||   |    ||||   ||||||| |||   |  | |       
ACGATCTCAAAAAGCACGTTACAACAACAGAGTTGCGTGAAATGCTGGAAGCCAATGGTCAAGATTCATCAGGATCAGAAATTGATTTACGTGACCGCTGgtaa-tttaatctcatagagtttttaccctgatgttta-aaaagtgtttgcctcatcccaatatctgcactgttaaacttaatgtttt--cgactcaatatgtt