1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
CCAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGTTCTGTGAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgctccacttggctgcattaatggcaataaaagaagtgaaagacaagtgtcattgctaattgaagaatatttttcaactatttttttgtttaa...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0080g00400.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|71867230|gb|DT016285.1|DT016285
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|71868681|gb|DT017736.1|DT017736
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|161710675|gb|FC059046.1|FC059046
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAT GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|110386493|gb|EC951092.1|EC951092
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|71868840|gb|DT017895.1|DT017895
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|30298813|gb|CB975607.1|CB975607
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|77583338|gb|DV220702.1|DV220702
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|71869642|gb|DT018697.1|DT018697
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|77586494|gb|DV222363.1|DV222363
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|110689031|gb|EE067943.1|EE067943
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|71880113|gb|DT029168.1|DT029168
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|71872587|gb|DT021642.1|DT021642
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|77581865|gb|DV219896.1|DV219896
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|110693837|gb|EE070417.1|EE070417
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|110686483|gb|EE064171.1|EE064171
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|30126576|gb|CB911915.1|CB911915
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|77577254|gb|DV217332.1|DV217332
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|110723348|gb|EE100554.1|EE100554
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|37189916|gb|CF609265.1|CF609265
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|110686797|gb|EE064845.1|EE064845
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|71875077|gb|DT024132.1|DT024132
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|110394329|gb|EC959115.1|EC959115
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|71865803|gb|DT014858.1|DT014858
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTGEST: gi|71879518|gb|DT028573.1|DT028573
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
EST: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAG GCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
genomic: GCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgc ... taaattacagGCAGAAAAGATAGGCTTGGAATACATGGATGTGGAAGGGCTAAAAAAGCTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCAGAAGGACAAGCGTTTCAGTGGTTCTGTGAAGTTGCCCCACATCCCTCGCCCCAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGTGATGCTCAACACGTGGAAGAGgtaattgtgctccacttggctgcattaatggcaataaaagaagtgaaagacaagtgtcattgctaattgaagaatatttttcaactatttttttgtttaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaata