1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CCGAGGGGTTAGTGGGAATGACCAATGCTCCTGGTGCCATTACTTAAGCTGTGTCCCAACCTCTAAATGGAGCTGTAAATCGCAACAAGTCTATTGTGAGgtaactgatgtttcttttctttttctcttgcatactttccaccaatcattcctggataaacttctctatttatgaagcaacctgaaataatggaaaaatg...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0004g04890.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTGTCCCAACCTCTAAACGGAGCTGTAAATCGCAACAAGTCTATTGTGAG TCCACCACAATCGGAAACCAGCTGAACTTGACATGCCTGAGCAATGGGAGAEST: gi|110364763|gb|EC928246.1|EC928246
genomic: GTGTCCCAACCTCTAAATGGAGCTGTAAATCGCAACAAGTCTATTGTGAGgtaactgatg ... tgctttgcagTCCACCACAATCGGAAACCAGCTGAACTTGACATGCCTGAGCAATGGGAGA
EST: GTGTCCCAACCTCTAAATGGAGCTGTAAATCGCAACAAGTCTATTGTGAG TCCACCACAATCGGAAACCAGCTGAACTTGACATGCCTGAGCAATGGGAGAEST: gi|33403921|gb|CF209548.1|CF209548
genomic: GTGTCCCAACCTCTAAATGGAGCTGTAAATCGCAACAAGTCTATTGTGAGgtaactgatg ... tgctttgcagTCCACCACAATCGGAAACCAGCTGAACTTGACATGCCTGAGCAATGGGAGA
EST: GTGTCCCAACCTCTAAACGGAGCTGTAAATCGCAACAAGTCTATTGTGAG TCCACCACAATCGGAAACCAGCTGAACTTGACATGCCTGAGCAATGGGAGA
genomic: GTGTCCCAACCTCTAAATGGAGCTGTAAATCGCAACAAGTCTATTGTGAGgtaactgatg ... tgctttgcagTCCACCACAATCGGAAACCAGCTGAACTTGACATGCCTGAGCAATGGGAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCGAGGGGTTAGTGGGAATGACCAATGCTCCTGGTGCCATTACTTAAGCTGTGTCCCAACCTCTAAATGGAGCTGTAAATCGCAACAAGTCTATTGTGAGgtaactgatgtttcttttctttttctcttgcatactttccaccaatcattcctggataaacttctctatttatgaagcaacctgaaataatggaaaaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttccacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaagcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaaat