Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCGCAAATTCTTTATTTTTGTTCAAGATTATGATGAGAATGATCCCAGAACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgcccttaatccttgtcatttgcgcatatctttgtctatttgtgaggaatttcaatgtacccacttggatggtctcaacttgtttctttgcaatttt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0094g01550.t01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110707813|gb|EE084638.1|EE084638
EST:     ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTANAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|110701800|gb|EE079788.1|EE079788
EST:     ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|110700674|gb|EE077534.1|EE077534
EST:     ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|110732501|gb|EE107845.1|EE107845
EST:     ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|27584731|gb|CB007426.1|CB007426
EST:     ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|110687677|gb|EE065357.1|EE065357
EST:     CACGTGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGGACTAATTGNC                         AAA-TATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAG
genomic: CACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTG-Cgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAG
EST: gi|110724401|gb|EE100197.1|EE100197
EST:     ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|110371128|gb|EC934907.1|EC934907
EST:     ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|110685725|gb|EE062694.1|EE062694
EST:     ACACGTGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|110687369|gb|EE064718.1|EE064718
EST:     ACACGTGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|110701029|gb|EE078211.1|EE078211
EST:     ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|110687516|gb|EE065012.1|EE065012
EST:     ACACGTGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|110700715|gb|EE077610.1|EE077610
EST:     ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC
EST: gi|161719051|gb|FC065697.1|FC065697
EST:     ACACGTGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATG
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATG
EST: gi|71873208|gb|DT022263.1|DT022263
EST:     ACACGTGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGANCA-CACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAG
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGA-CAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAG
EST: gi|161715281|gb|FC064588.1|FC064588
EST:     CACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAAACTATTTGC                         AAA-TATGGTCTCGATGACA-CACTATTGATTTTAT-GGTCATG
genomic: CACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAA-CTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATG
EST: gi|110690999|gb|EE068597.1|EE068597
EST:     ACACGTGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGC                         AAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAAC
genomic: ACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgccctt ... tttatgacagAAAATATGGTCTCGATGACAACACTATTGATTTTATTGGTCATGCAATAGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTCGCAAATTCTTTATTTTTGTTCAAGATTATGATGAGAATGATCCCAGAACACATGAGGGGATGGATTTGACAAGGGTCACAACTAGAGAACTAATTGCgtatgcccttaatccttgtcatttgcgcatatctttgtctatttgtgaggaatttcaatgtacccacttggatggtctcaacttgtttctttgcaatttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaggaat